HBV-DNA：即是乙肝病毒的脫氧核糖核酸（即乙肝病毒基因）。 HBV-DNA是HBV感染最直接、特異性強和靈敏性高的指標，HBV-DNA陽性，提示HBV複製和有傳染性。HBV-DNA越高表示病毒複製越厲害，傳染性強。
病毒從結構上分為兩類，一類是RNA病毒（核糖核酸病毒），另一類是DNA病毒（脫氧核糖核酸病毒），乙肝病毒屬於後者。病毒與細菌不同，細菌體內含有兩種核酸（RNA和DNA），而病毒體內只含有一種核酸，或RNA或DNA。核酸是病毒的核心部分，病毒的基因都在這裡，沒有核酸，病毒就不能複製。
HCV-RNA：是檢測丙型肝炎病毒脫氧核糖核酸。在HCV急性感染期，在血漿或血清中的病毒基因組水平可達到105～107拷貝/ml。
HCV基因組為一長的開放讀碼框架（ORF），在其兩側的5′和3′均有非編碼區，從5′端開始，編碼區由7個基因區組成，即C、E1、E2、NS1、NS2,NS3、NS4和NS5，C區編碼核衣殼蛋白，E1區和E2/NS1區編碼包膜蛋白。包膜區基因是基因組變異最大的部分，故迄今HCV感染者幾乎均檢測不到對HCV的中和抗體可能與此有關，也可能是引起HCV易持續感染和疾病慢性化的一個原因。NS2～NS5編碼非結構蛋白，其中有的功能還不很清楚。NS3編碼螺旋酶和蛋白酶，NS3蛋白抗原性強，產生的抗體具有重要診斷價值。NS5編碼依賴RNA的RNA多聚酶，NS5蛋白抗體陽性似乎與病毒活動有關。
