子宮閉經：由子宮內膜對激素沒有反應或反應不足引起。它多見於子宮內膜結核、子宮內膜損傷（如刮宮後子宮內膜股不再生）、子宮內膜粘連和發育不良。在這類患者中，即使通過人工荷爾蒙調節（人工週期），子宮內膜也不會脫落出血。
卵巢性閉經：主要由卵巢疾病引起。由於雌激素水平低，不能促進子宮內膜生長，如先天性卵巢發育不良、卵巢早衰、卵巢反應遲鈍等。這些人的雌激素水平低，而促性腺激素正常或高，可以用人工週期治療。
垂體性閉經。閉經與垂體功能不全有關，可在顱骨發育不良、西爾汗綜合徵和顱骨區域放射治療後出現。
下丘腦性閉經。問題出在下丘腦，可由神經系統的器質性疾病引起，如炎症、腫瘤和缺血，或由心理因素、環境變化、系統性疾病、營養缺乏和藥物作用引起。
