慢性便秘有功能性和器質性病因。器質性病因可以由胃腸道疾病、累及消化道的系統性疾病如糖尿病、硬皮病、神經系統疾病等，許多藥物也可以引起便秘；具體如下：
1、腸管器質性病變如腫瘤、炎症或其他原因引起的腸腔狹窄或梗阻。
2、直腸、肛門病變：直腸內脫垂、痔病、直腸前膨出、恥骨直腸肌肥厚、恥直分離、盆底病等。
3、內分泌或代謝性疾病：如糖尿病腸病、甲狀腺功能低下、甲狀旁腺疾病等。
4、神經系統疾病：如中樞性腦部疾患、腦卒中、多發硬化、脊髓損傷以及周圍神經病變。
5、腸管平滑肌或神經元性病變。
6、結腸神經肌肉病變：假性腸梗阻、先天性巨結腸、巨直腸等。
7、精神及心理障礙。
8、藥物性因素：鋁抗酸劑、鐵劑、阿片類、抗抑鬱劑、抗帕金森氏病藥、鈣通道拮抗劑、利尿劑以及抗組胺藥等。
