1、潛伏期 潛伏期為5～21天，一般為7～14天。
2.分期 典型病人的全過程為6～8周，臨床可分為3期：
（1）卡他性階段 從發病到出現痙攣性咳嗽，一般為1～2周。開始時，症狀類似感冒，除咳嗽外，可有流鼻涕、打噴嚏、低熱，或僅有乾咳。當其他症狀逐漸消失後，咳嗽就會加重，一天比一天輕，一夜比一夜重，逐漸變成痙攣性咳嗽。
（2）痙攣性咳嗽期 一般為2～4周或更長（數天至2個月以上）。這個時期的特點是陣發性、痙攣性咳嗽。咳嗽成串發生，咳嗽十餘次或數十次，直至咳出痰液或吐出胃內容物，隨後深長吸氣，發出雞叫般的吸氣吼聲。咳嗽劇烈時，可出現大小便失禁，握拳屈肘，睜眼，面紅耳赤，眼淚和鼻涕交換，頭向前傾，張口伸舌，嘴唇發青等。表情是極其痛苦的。表情是極其痛苦的。越輕越重，一天幾十次，晚上越多。跑步、吃飯、受涼、抽菸、哭鬧等時都會被觸發。發作前通常沒有明顯的預兆。
（3）恢復期 一般1～2周，咳嗽發作次數減少，程度減輕，不再出現陣發性痙攣性咳嗽。但是，如果有濃煙等刺激或呼吸道感染，陣發性痙攣性咳嗽會反覆出現。
3.患有百日咳的新生兒和小嬰兒往往沒有典型的痙攣性咳嗽，而是經常咳嗽幾聲後發紺，這可能導致窒息和驚厥。呼吸動作可能在呼氣階段停止，心臟是第一個增加速度的，然後減慢甚至停止。病人的心臟會減慢，甚至停止。如果不及時用人工呼吸和氧氣進行搶救，病人可能因窒息而死。
4.成人百日咳 近年來，青少年和成人百日咳的發病率有所上升。一批經細菌培養確診的成人百日咳患者，平均年齡35歲，其典型症狀是痙攣性咳嗽，然後是嘔吐，但也可僅有幾周的乾咳，併發症很少。大多數患者仍能堅持工作，雖然他們本人沒有甚麼痛苦，但他們會成為傳染源，特別是威脅到兒科患者，應予以重視。
