準確地預測某一熱性驚厥能否出現後遺症，是否會變為癲癇，有一定困難。但根據一些“危險因素”進行估計是有一定幫助的。
若熱性驚厥首次發作是單純性的，且驚厥前神經系統正常，則癲癇的發生率為1%;在熱性驚厥前已有神經系統異常或為複雜性高熱驚厥，則癲癇發生率為2%～3%;若熱性驚厥前神經系統已有異常而且為複雜性發作，則癲癇的發生率為9%。並且有報道，熱性驚厥病兒如有圍產期異常，當轉變為癲癇時往往是全身性發作。而另一些熱性驚厥的小兒，驚厥時間長，反覆發作，或侷限性發作，以後轉變為癲癇時，往往表現為精神運動型癲癇。
總之熱性驚厥一般預後良好，僅有極少部分患者可轉變為癲癇，留有後遺症，其發生率為熱性驚厥的2%～7%。當熱性驚厥患兒出現以下危險因素時，預示轉變為癲癇的百分率增高。
(1)複雜性高熱驚厥，發作時間長約15分鐘，限局性發作，低於38℃時發作，一次熱病連續發作。
(2)熱性驚厥多次復發。
(3)熱性驚厥前有神經系統異常、發育異常、智力低下或圍產期異常。
(4)首次發作在1歲以內。
(5)家中有癲癇或熱性驚厥史。
