除極少見的未分化癌，手術療效不大（多半僅僅氣管切除解除氣道梗阻，生存期為3月到半年），少見的髓樣癌（血降鈣素升高是其診斷特異性指標）全切和至少中央區淋巴結清掃外，一般分化型甲狀腺癌，尤其是最常見的乳頭狀癌，手術範圍存在較大差異（濾泡狀甲狀腺癌，容易血行轉移到肺骨，不容易轉移到頸淋巴結，通常全切加術後碘131治療）。
甲狀腺附近存在纖細的喉返神經，其支配雙側的聲門活動，一側損傷導致聲音嘶啞，雙側損傷還可能導致呼吸困難。雙側甲狀腺葉上部和下部附近還存在米粒或綠豆大小的甲狀旁腺，主管身體的鈣磷代謝，損傷或切除1-2個旁腺，不會帶來後果，但是，損傷全部旁腺，會發生手足麻木、抽筋，甚至喉痙攣。這就是雙側全切，+/-雙側或單側中央區淋巴結清掃帶來的風險，聲帶麻痺或旁腺損傷；此外，全切手術後需要終身替代的甲狀腺素劑量要增加。
但是，只做一側手術，雖然手術風險明顯減少，術後服藥劑量減少，但是手術有可能不徹底，術後也無法完成放射性碘131治療（如果存在正常的甲狀腺組織，碘131優先進入，影響轉移灶的攝碘治療效果），也不便於採用Tg來監控是否復發。
那麼甲狀腺手術，到底是切一側，還是雙側為好？有時醫師或患方也難以抉擇。
一般來說，腫瘤小於1.5cm，特別是小於1cm，沒有侵犯甲狀腺被膜，無明顯淋巴結轉移的乳頭狀癌，一側甲狀腺切除已經足夠。
腫瘤大於4cm，或者侵犯包膜外結構，如氣管、食管、神經、血管、廣泛皮膚，或者廣泛頸淋巴結轉移，或者穿刺細胞學檢查顯示腫瘤惡性程度差，腫瘤基因檢測BRAF+，或者已經存在肺骨轉移，必須做全切，術後進行碘131清甲或清灶（我們認為是碘131治療的絕對指正或剛性需求），口服甲狀腺素的劑量也要大些（醫學術語叫“抑制治療”）。一般來說，甲狀腺癌，對化療（如5氟尿嘧啶，順鉑等）和外放療沒有多大療效，不常規使用。僅無法切除或者切乾淨，才考慮放療，或者靶向藥物治療（但療效也有限，副作用大，價格昂貴）。所以，早期發現，早期規範手術仍然是非常重要的。
腫瘤介於1-4cm，根據具體情況加以考慮，可以全切或一側切除，新的國際指南也是這樣。腫瘤直徑越大，越是多灶，淋巴結轉移越多，男性，對側存在結節，有甲狀腺癌家族史，越偏向全切。
因為甲狀腺左右兩葉，通過峽部腺體相連，沒有明確分界，易發生腺內轉移，也有多發甲狀腺微小病灶同時發生，淋巴血運豐富，可發生淋巴轉移和血運轉移，所以有時即使“早期”甲狀腺癌完成全切，也有合理性。但是，也由於大部分乳頭狀癌特別是微小乳頭狀癌，低度惡性，即生物學行為惰性，發展緩慢，不容易轉移，可以一側切除加中央區淋巴結清掃（我們編寫的中國指南，術後優甲樂等抑制治療要輕，如TSH在1.0左右，無須不能碘131治療），甚至有人提出觀察。我們限定觀察病例為小於5mm，沒有包膜侵犯，沒有淋巴結轉移，老年女性，定期隨訪監控。到底採用何種手術方式，更準確合理，還會爭論，最後可能需要基因層面分子生物學惡性行為的個體化診斷和治療，即個體化的精準醫學，探索之路還會漫長。
良性結節，一般要大於3-5cm，才考慮手術。單個結節，懷疑腺瘤，或濾泡性腫瘤，或男性，2-2.5cm，可以考慮手術根據穿刺或術中冰凍，甚至術後病理，做部分，腺葉，甚至全切術。多髮結節主張全切，徹底，一勞永逸，但是一定要防止旁腺或神經損傷併發症，我們曾經有病例，每5-10年手術一次，到我們這裡是5次手術。
至於淋巴結清掃的範圍，一般強調常規同側中央區清掃（即氣管前、氣管旁，喉前，相當於“內環”也有專家認為，中央區淋巴結就是原發病灶）。頸側區清掃（沿頸動脈靜脈鞘，IIa區、III區、IV區，相當於“中環”），只有手摸明顯，或超聲或增強CT診斷提示時才做改良性清掃，一般不做預防性清掃。淋巴結轉移厲害時，還需要清掃IIb，V區淋巴結（頸部側後方，相當於“外環”）。有時胸骨後氣管旁淋巴結，即VII區淋巴結也需要清掃。特別注意淋巴結，包括周圍脂肪、結蹄組織的整體徹底清掃，而不是“摘草莓式”切除，因為可能遺留微小的轉移淋巴結。淋巴結轉移，對碘131治療效果差，故手術切除不要遺漏。還有注意防止損傷頸部舌下神經、乳糜淋巴管、血管等重要結構。也有專家認為，淋巴結轉移不影響患者預後和生存率，不要過度清掃淋巴結，導致旁腺損傷，如中央區不明顯，不予清掃，復發淋巴結不大於10mm，不予追加手術清掃，以保護患者生活質量，值得參考。
至於採用胸乳途徑腔鏡或者頸部小切口腔鏡輔助，甚至經口手術，只要醫生經驗豐富、腫瘤不要太晚，病人強烈願意頸部無疤或者小疤，都是可以考慮，手術的原則和範圍，和常規開放手術是一致的。
