在我國，肛瘻的發病率佔肛腸疾病的1.67%-3.6%，由於其臨床表現和病因的多樣性，臨床治療方式和效果也有不同的報道，但手術是根治肛瘻的唯一療法。肛瘻治療原則的縮寫是SNAP，分別代表感染、營養、解剖和方法。肛周的解剖結構很複雜，瘻管的開口和走向往往界定不清，如果瘻管識別錯誤或殘留分支，會導致復發。最後，選擇正確的手術方法是成功治療的關鍵。瘻管不會自行癒合，不治療可能會導致病情惡化。此外，一旦診斷出瘻管，需要儘快治療。如果不及時治療，瘻管往往會反覆膿腫發作，瘻口暫時封閉，長期慢性感染會形成複雜的肛瘻；病人可能會出現疼痛、出血、大便失禁、蜂窩組織炎，甚至全身性敗血症。
在手術治療的原則中，既要減少肛門括約肌的損失以保護肛門功能，同時又要徹底清除感染源以達到根治的目的。因此，如果在治療中追求治癒率，就會出現高的肛門失禁率；而為了降低失禁率，就會造成低的治癒率。在臨床工作中，肛瘻的手術治療往往與術後復發和肛門失禁有關。因此，保留括約肌的手術已成為治療肛瘻的主流術式，因為它可以在最大限度保護肛門功能的前提下治癒肛瘻。例如，經括約肌瘻管結紮、直腸推移皮瓣、生物材料填充等在肛瘻的手術治療中取得了成功。
