抗磷脂綜合徵的確切發病機制尚不完全清楚;抗磷脂抗體是APS發病的一個決定因素,其結合的主要目標抗原是β2糖蛋白1(β2GP1)。APS的發展也與其他因素有關,因為在APL陽性人群中只有部分患者出現臨床表現。其他可能的機制包括血小板合成血栓素的增加,抑制前列環素的合成,以及刺激內皮細胞產生組織因子。
抗磷脂抗體是一組針對狼瘡抗凝物質的自身抗體,抗心磷脂抗體,或針對其他磷脂或磷脂複合物。產生抗磷脂抗體的原因尚不清楚。對動物進行細菌免疫可以誘發抗磷脂抗體的產生,這表明感染性因素可能起了作用。此外,可能與遺傳有關,一些研究報告稱,在抗磷脂抗體綜合徵患者中,HLA-DR7和DR4的頻率增加 在抗心磷脂抗體陽性者中,HLA-DR53的頻率更高。