1.血漿胰島素生長因子1(IGF-l)降低：胰島素生長因子1在調節物質代謝和促進生長髮育中具有重要作用，營養不良患者在其身長(高)，體重等體格發育指標尚未改變之前已下降，且不受肝功能的影響，被認為是蛋白質營養不良早期診斷靈敏可靠的指標，黃永蘭等近有報道，營養不良性生長遲緩兒童其血清IGF-l水平顯著降低，降低的程度與體格發育指標異常程度相關。
2.氨基酸相關的比值：血漿必需氨基酸與非必需氨基酸相關的比值下降，可出現氨基酸尿，血漿牛磺酸含量明顯降低，也可作為早期診斷指標。
3.血清酶活性降低：多種血清酶活性降低，如澱粉酶，膽鹼酯酶，轉氨酶，鹼性磷酸酶，胰酶和黃嘌呤氧化酶等的活性降低，治療後又很快恢復正常。
4.血糖水平降低：呈糖尿病型耐量曲線。
5.血清膽固醇：血清膽固醇水平降低。
6.微量元素含量降低：如血清鐵，鋅，硒，銅，鎂等均低，尤以血鋅在重度營養不良降低顯著，近有報道血清鋅降低與血清IGF-1降低呈顯著正相關。
7.人體測量：測量身高，體重，上臂圍，上臂肌圍，頭圍，胸圍，腹圍;測定特定部位的皮褶厚度等，以判斷兒童生長髮育情況，明顯低於同齡人。
8.肌酐/身高指數：肌酐是全身肌肉的分解產物，正常時每天的排出量比較恆定，蛋白質貯存下降時，肌肉萎縮，導致肌酐生成量減少，因此肌酐/身高指數減少，評價時可用24h尿中肌酐排出量除以身高相應的中等體型的理想肌酐排出量，求出實際排出量為理想排出量的百分數，診斷標準是：>90%正常;80%～90%為輕度營養缺乏;60%～80%為中度營養缺乏;<60%為嚴重營養缺乏。
9.放射學檢查：常規並不需要，但如發現佝僂病，骨質軟化症，嬰兒性壞血病或蛋白質熱能營養不良時，X線檢查是必需的。
10.心電圖檢查：腳氣病，鉀缺乏，硒缺乏(克山病)都累及心臟，心電圖檢查有助於診斷及治療。
11.暗適應檢查：伴有維生素A缺乏時，適應時間延長。
