抗生素有近百種，與其他藥物一樣，也具有一定的不良反應。主要有以下幾種：
（1）過敏反應。青黴素、鏈黴素、先鋒黴素等可使人產生過敏反應，嚴重時可危及生命。抗生素引起的過敏反應常見的為藥疹、皮炎和藥熱等。
（2）毒性反應。包括聽覺神經損害、造血系統障礙、腎損害、肝損害及胃腸道反應。毒性反應的性質和程度，因藥物種類及患者個體差異而有所不同。
（3）二重感染。老年人、嬰幼兒、體弱者、腹部手術者及濫用抗生素者較易發生。二重感染一般較難控制，且有很大的危險性。
（4）耐藥性。大多數細菌對抗生素可產生耐藥性。隨著抗生素的廣泛應用及不合理用藥導致的抗生素濫用，致使耐藥菌株日益增多，甚至出現超級細菌，影響疾病的治療，甚至會因無敏感抗生素控制感染而產生嚴重後果。
（5）局部刺激。抗生素肌肉注射，多數可引起局部疼痛，靜脈注射也可能引起血栓性靜脈炎。由此可見，抗生素一定要合理使用，千萬不可當“萬能藥”隨意亂用。
