細菌是牙周炎最主要的發病因素，因此治療牙周炎的關鍵在於控制細菌。
通常來說，牙周炎治療分四階段：
1、基礎治療階段，目的在於選用牙周病常規的治療方法，清除或控制臨床炎症和咬致病因素，包括教會患者如何保持口腔衛生，拔除預後差和不利修復的牙，齦上潔治，齦下刮治以清除菌斑、牙石，選用抗菌藥控制炎症，咬頜調整等。通過徹底的局部治療，使牙周組織破壞的進程停止，促使病變轉入靜止期。
2、牙周手術治療和鬆動牙固定。
3、永久性修復治療，一般手術後2-3個月後進行。
4、複查復治階段，每半年一次，包括檢查菌斑控制情況，衛生宣教，拍片檢查，以進一步擬訂治療計劃。
牙周炎治療成功與否關鍵有兩點：
1、周密的治療計劃和醫生細緻、精湛的治療。
2、病人堅持良好的自我菌斑控制。後者較前者更為重要，否則醫生的工作將是事倍功半，疾病也將再度發生。
一般情況下，如果患者能夠堅持良好的自我菌斑控制，多數患者對治療有明顯的療效。但也有少數患者（約10％）經任何治療都效果不佳，病情繼續迅速加重，直至牙齒喪失，這部分患者即是“難治性牙周炎”。
需要特別提出的是糖尿病患者的牙周炎治療。牙周炎的發病率在糖尿病患者中屬於較高水平。因為糖尿病患者抵抗力低下，容易感染，而且血糖較高，容易形成牙菌斑，導致牙周炎的發生。而牙周炎又會進一步加大糖尿病患者的感染幾率。因此，糖尿病與牙周炎可以說是相互促進的惡性循環。糖尿病患者更應該注意牙周病的治療。首先控制血糖水平，其次要系統治療牙周炎，平時更應該注意口腔保健，定期複查。
