一、對腎、胰、膽、心臟等器官的侵犯
乙型肝炎病毒侵犯腎、胰、膽、心臟等器官時可引起腎小球腎炎、急性胰腺炎、膽管炎、膽囊炎、心肌病和粒細胞缺乏症等疾玻還有人認為乙型肝炎病毒很可能在艾滋病病因學中起著重要的作用。
二、對關節的侵犯
在急性乙型肝炎前期，約20%～40%的患者會發生關節痛，但這種症狀往往被忽視。這種關節痛的臨床特點是起病突然，關節長期強直，嚴重者伴有肌肉痛。在此類患者中，80%以上的人為近端指間關節受累，約30%的患者為膝關節受累，且多為對稱性，其表現頗像風溼性關節炎急性發作。這種關節疼痛症狀一般可持續20天左右。
三、對皮膚的侵犯
皮膚病變在關節症狀出現後不久出現。有半數的病人可出現紅斑、丘疹或淤斑，最後發展成為血管神經性水腫或伴有發熱，形成血清病樣綜合徵。而丘疹性皮炎常出現於肝炎發病前。成人丘疹的直徑約為5～10毫米，兒童為1～2毫米，常呈濾泡狀排列，並且容易剝脫，手部和足背的皮疹易融合。另外，患者四肢和麵部還常出現單一皮疹，但粘膜及軀幹部位的皮疹少見。此類患者在急性期局部淋巴結腫大明顯，同時伴有肝脾腫大。
四、對血液的侵犯
急性乙型肝炎患者常有不同程度的血液改變和骨髓再生障礙，開始時白細胞、血小板和淋巴細胞均減少，以後相繼出現淋巴細胞及巨幼紅細胞相對增多，並伴紅細胞壽命縮短等現象。被確診為肝炎後，患者可發生再生障礙性貧血，且男多於女。此病進展較快，患者宜早期進行骨髓移植。
五、對動脈血管的侵犯
乙型肝炎病毒可侵犯動脈血管而發生結節性多動脈炎。此病的特點是起病時有發熱現象，表現為多發性關節炎、肌肉痛、蕁麻疹或其它皮疹，同時存在著進行性多發性神經炎、高血壓、嗜酸性壞死等症狀，另外，血管周圍還有細胞浸潤。約1/3患者的病情發展較快，預後差。大多數患者常與慢性遷延性肝炎或慢性活動性肝炎一起形成雙重炎症。
六、可引起混合性冷凝球蛋白血癥
此病是指含有兩種以上免疫球蛋白(通常是IgG、IgM)的冷凝球蛋白血癥，其表現為典型的三聯徵：乏力、紫癜、關節痛。此症與結節性多動脈炎不同的是，患者無嗜酸性粒細胞增多，而且腹部和神經症狀少見，但可有各部位的脈管炎，而且這種典型的脈管炎特別易侵犯腎臟。
七、對神經系統的侵犯
乙型肝炎病毒侵犯神經系統時易併發腦膜腦炎，同時還可引起多發性神經根炎或多發性神經炎伴上升麻痺及細胞蛋白分離，即格林-巴利綜合徵。
