HPV感染一般不會影響婦女的生育能力，HPV陽性的婦女可以懷孕。它也不會對胎兒的正常生長和發育產生不利影響。然而，研究證實，在懷孕期間，HPV可以通過母親和嬰兒之間的血液交換通過胎盤傳染給胎兒，而且母親有可能在分娩時通過產道將HPV病毒垂直地傳染給嬰兒。人乳頭瘤病毒大多存在於新生兒的呼吸道中，並可能在嬰兒期導致咽部乳頭瘤，但這種情況相對罕見。
咽乳頭瘤容易復發（有些病人需要多次手術治療），容易惡變，容易阻塞氣道造成不同程度的呼吸窘迫，甚至死亡，預後不良。據報道，有9個孩子是通過陰道分娩出生的，9位母親在出生時陰道內都有HPV感染。診斷的平均年齡約為4歲。9個孩子被手術切除，其中7個孩子術後復發。
為預防和避免本病的發生，育齡婦女應避免與高危人群的性接觸，使用安全套作為屏障保護；孕婦應進行HPV感染篩查；提高自身機體免疫功能，控制病毒感染；由於HPV在母嬰間的傳播途徑，產前可通過胎盤經血液傳播，分娩時可通過分娩時吞下的含有HPV的陰道分泌物傳播。剖宮產對HPV的宮內傳播沒有保護作用，但可以減少和避免產科途徑的感染。咽乳頭瘤病的根本預防在於預防孕婦的HPV感染。
