主治血滞闭经、外伤瘀血、癥瘕积聚等病症。
本药常用于以下传统方剂：①抵当汤、抵当丸(《伤寒论》)：水蛭、虻虫、桃仁、 大黄，治疗伤寒蓄血，少腹满痛;②夺命散(《济生方》)：红蛭、大黄、黑牵牛，治疗金疮打损，心腹疼痛，大小便不通。
在《金匮要略》破瘀散结的名方大黄廑虫丸中，在《妇人良方》治疗闭经的名方地黄通经丸中，也都有水蛭。
水蛭破血瘀通经络，《伤寒论》中的抵当汤、大黄虫丸等均配有水蛭，医家张锡纯云：“水蛭味咸，故善入血分，为其原为嗜血之物，故善破血，其气味与瘀血相感召，不与新鲜血相感召，故破瘀血不伤新血。”据此临床常用水蛭治疗冠心病、心绞痛、急性心肌梗死、高血脂症及脑内血肿等，常获良效。
水蛭还有利水道破积聚之功，临床常用其治疗水肿病，如肾病综合征、肝硬化腹水等，常在温补脾肾的基础上加水蛭，起到化瘀利水作用。《本草纲目》记载水蛭：“逐恶血瘀血，破血瘕积聚，无子利水道，堕胎。”因此临床常用水蛭治疗妇人腹内瘀血证及月经不调，也用于终止妊娠，为妇科所常用。
【临床应用】
治疗脑梗死和脑出血。
治疗冠心病、心绞痛、急性心肌梗死和肺源性心脏病。
治疗弥散性血管内凝血(DIC)。
治疗血管栓塞性疾病，如静脉炎、闭塞性脉管炎、栓塞性动脉炎等。
治疗高脂血症。
治疗妇科疾病如痛经、闭经、盆腔炎性肿块、产后瘀血不下而腹痛等。
血瘀经闭，癥瘕积聚。本品咸苦入血，破血逐瘀力强，主要用于血滞经闭，癥瘕积聚等证。常与虻虫相须为用，也常配三棱、莪术、桃仁、红花等药用，如抵当汤(《伤寒论》);若兼体虚者，可配人参、当归等补益气血药，如化癥回生丹(《温病条辨》)。
跌打损伤，心腹疼痛。取本品的破血逐瘀之功，亦常用于跌打损伤，可配苏木、自然铜等药用，如接骨火龙丹(《普济方》)。治瘀血内阻，心腹疼痛，大便不通，则配伍大黄、牵牛子，如夺命散(《济生方》)。
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