1、石菖蒲全株都是有毒性的，特别是它的根茎毒性最大，若是过量服用石菖蒲很容易让人产生幻觉。是药三分毒，在这里小编要提醒各位，石菖蒲的药用疗效虽然很好，但是因为它含有一定的毒性，取用切记要谨慎，以免造成不良后果。若有阴虚阳亢、烦躁汗多、咳嗽、吐血、精滑者应该谨慎服用石菖蒲，以免病情加重。
2、石菖蒲副作用大，不宜过量服用，并且在多本古书上也有记载，比如《本草经集注》上记载到“秦艽、秦皮为之使，恶地胆、麻黄。”;《日华子本草》也有记载“忌饴糖、羊肉。勿犯铁器，令人吐逆。”;还有《医学入门》上也记载着“心劳、神耗者禁用。”
3、石菖蒲的挥发油中含有细辛醚、石竹烯、石菖醚等，有兴奋脊髓神经的作用。若是服用石菖蒲中毒，一般会出现抽搐、惊厥等不良反应，外界刺激更可能会诱发和加剧，最后死于强直性惊厥。而中毒后的治疗和解救方法通常是催吐、导泻、洗胃、静脉输液、皮下注射麻黄碱等。
4、现代药理学研究证明，石菖蒲具有镇静作用，能够促进消化液的分泌及制止胃肠异常发酵，驰缓肠管平滑肌的痉挛。但现代市场上假冒伪劣产品多，消费者在购买的时候一定要注意分辨石菖蒲真伪，伪品与真品既不为同科植物，又不具有真品的功效，误用伪品会贻误治疗，危害健康，所以切记谨慎。
5、临床试验表明，石菖毒副作用大。将石菖蒲挥发油注射于小鼠体内，中毒表现为间歇性抽搐，待数小时后小鼠死于强直性惊厥，说明石菖蒲的挥发油中毒主要是兴奋脊髓。还有将石菖蒲水煎剂注射入小鼠腹腔，不久后小鼠就出现中毒症状，表现为呼吸困难、阵挛性抽搐。
