根据发病原因的不同，舌咽神经痛同样也可以分为原发性舌咽神经痛和继发性舌咽神经痛两种。
1.原发性舌咽神经痛
原发性舌咽神经痛的病因仍不清楚，可能是神经脱鞘所致。其临床表现特点：
(1)疼痛 发生在一侧舌根、咽喉、扁桃体、耳根部及下颌后部，有时以耳根部疼痛为主要表现。
(2)发作情况和疼痛性质 同三叉神经痛、疼痛通常骤然发作、突然停止，每次发作持续时间多为数秒或数十秒，一般不超过两分钟。亦可呈刀割、针刺、撕裂、烧灼、电击样剧烈疼痛。
(3)诱发因素 常于吞咽、说话、咳嗽或打哈欠时诱发疼痛。
(4)扳机点 往往有扳机点，部位多在咽后壁、扁桃体、舌根等处，少数可在外耳道。
(5)其他症状 吞咽动作常会诱发疼痛发作，虽然发作间歇期无任何异常，但惧怕诱发疼痛而不敢进食，患者常有消瘦、脱水、喉部痉挛感、心律不齐及低血压性晕厥等症状。
(6)神经系统检查正常。
临床上多见的舌咽神经痛多半是属于原发性舌咽神经痛，暂时止痛效果不佳。
2.继发性舌咽神经痛
某些小脑脑桥角肿瘤、蛛网膜炎、血管性疾病、鼻咽部肿瘤或茎突过长症等均可激惹舌咽神经而引起舌咽神经分部区域的疼痛，称为继发性。
