治疗原则同三叉神经痛。适用于原发性三叉神经痛的药物，也都适用于舌咽神经痛。用法和剂量同三叉神经痛。
1.药物治疗
(1)卡马西平：每次0.1 g，每日2次，无效时可增大剂量，每天增加0.1g，最大量为每天0.9g。无效时换用其他药物。其副作用为眩晕、嗜睡、恶心、行走不稳等，在服药数天后可消失。若有皮疹、白细胞减少(到医院检验)则需停药。
(2)苯妥英钠：开始用每次0.1 g，每日3次，无效时增加剂量，每日最大量不超过0.6 g，0.1 5～0.3 g作为维持剂量，不宜长期服用。
(3)司替巴脒：0.15 g溶于蒸馏水中，再加5%葡萄糖液至l00 ml，静脉滴注，每日一次，连续2星期，可使疼痛缓解。
(4)此外，治疗三叉神经痛的药物尚有氯硝两泮、维生素B12、654-2等药。
2.针刺治疗
第一支痛可选病侧鱼腰、攒竹;第二支痛选四白、颧髎;第三支痛选下关、颊车、配合选用合谷、风池等穴。
3.局部镇痛
用丁卡因喷涂于患侧的扁桃体及咽部可暂时阻止疼痛发作。另外也可用1%普鲁卡因或0.5%利多卡因I-2 ml，经腭咽弓注射于舌咽神经周围，可使疼痛暂时缓解;或行颈交感神经封闭，亦有一定疗效。
4.外周神经阻滞及毁损术
适用于：①药物治疗无效或不能耐受药物不良反应者;②高龄或全身状况差，不能耐受开颅手术者;③合并多发性硬化者。
目前最常采用经皮穿刺舌咽神经射频热凝术，即用定向穿刺和射频热凝技术破坏位于颈静脉孔处的舌咽神经和迷走神经。本手术在热凝破坏神经中感觉纤维的同时，常会破坏运动纤维，术后会引起吞咽困难、饮水呛咳和声音嘶哑，声带麻痹等并发症。疼痛复发率为23%～54%。
5.手术治疗
目前认为，治疗舌咽神经痛的最有效方法应为微血管减压术及舌咽神经根切断术，在药物治疗不满意时，可行颅内微血管减压术及切断病侧的舌咽神经根及迷走神经的最后1～2根。
(1)舌咽神经根显微血管减压术：舌咽神经根显微血管减压术手术显微镜下将位于舌咽、迷走神经根部走行异常、并对舌咽、迷走神经造成压迫的血管推移开，以Teflon棉隔离固定，使血管不再接触压迫舌咽、迷走神经，恢复神经正常功能，使疼痛症状消失或缓解。随着该项手术技术的日臻完善，降低了复发率和并发症发生率，尤其是能完全保留舌咽神经功能，曾是神经外科医师治疗舌咽神经痛的旨选治疗。
(2)舌咽神经根切断术：有颅外和颅内手术两种入路。前者手术方法简单，但疗效不持久，后者可获得较持久的止痛效果，但需开颅。体位、皮肤切口、骨窗和硬膜切开同三叉神经痛微血管减压术。只是更靠近基底部，以下以病人坐位为例。
1)颅外手术入路：自乳突尖沿胸锁乳突肌前缘向下切开约10cm，分离胸锁乳突肌乳突端附着处，将茎突舌骨肌、二腹肌后腹向前牵开，并将腮腺分离后向上牵开，在颅底颈静脉孔处显露第Ⅸ、Ⅹ、Ⅺ脑神经及迷走神经咽支、颈上交感神经节，确认位于迷走神经内侧、横跨颈内动脉、随茎突咽肌而行的舌咽神经，将颈内、颈外动脉之间及舌下神经前方走行的舌咽神经切断。
2)颅内手术入路：自颅后窝入路，在桥小脑角下方显露舌咽神经和迷走神经根丝，切断舌咽神经根丝的同时，进一步切断迷走神经上部的1～2根丝，这有助于提高手术效果。术后立即止痛者达90%，术后复发率不高，极少数术后复发者可行第二次手术。切断舌咽神经时，少数病人可有血压增高，切断迷走神经分支时，有时可发生心脏期前收缩、血压下降，甚至心脏停搏等反应，手术时应予监测。舌咽神经切断后有同侧1/3味觉丧失，软腭、扁桃体区及舌根部麻木，轻度软腭下垂，咽部干燥不适和短暂性吞咽困难等，这些损害给病人造成的痛苦不大。
3)经皮穿刺舌咽神经射频热凝术：原理是应用定向穿刺和射频热凝技术破坏位于颈静脉孔处的舌咽神经和迷走神经，治疗舌咽神经痛。在患侧口角外2.5cm 处进针，进针过程中用连续x线透照监测的方法，引导电极针进入颈静脉孔，继用0.1-0.3V的脉冲电流刺激以精确定位，待病人在刺激后出现咽痛、耳痛、咳嗽等，说明已命中神经，接通射频电流，逐渐加温热凝。破坏神经。本手术在热凝破坏神经中感觉纤维的同时，不可避免地会破坏运动纤维，术后会引起声带麻痹，故本术不适合于原发性舌咽神经痛，仅适用于已造成声带麻痹的头颈部恶性肿瘤所引起的继发性舌咽神经痛患者。经皮穿刺舌咽神经射频热凝术，应用定向穿刺和射频热凝技术破坏位于颈静脉孔处的舌咽神经和迷走神经。
