与所有的东方香料一样，胡椒有着悠长的用作香料和药物的历史。味道更浓的荜拨通常是首选的药物，不过荜拨和黑胡椒都被作为药物使用。
黑胡椒子在印度是草药、悉达和尤那尼医学中的一种药物。5世纪的《叙利亚医学之书》指出胡椒(可能实际指的是荜拨)可治疗便秘、腹泻、耳痛、坏疽、心脏病、疝气、声嘶、消化不良、昆虫叮咬、失眠、关节痛、肝病、肺病、口腔脓肿、晒伤、龋齿与牙痛。在中医学中，黑胡椒可治疗寒痰、食积、脘腹冷痛、反胃、呕吐清水、泄泻、冷痢，亦可用于食物中毒解毒。5世纪后的许多着作也建议用胡椒来治疗眼疾，一般是将胡椒制成的软膏直接涂敷在眼睛上。在现代医学中，没有证据可以表明以上的这些治疗方法是有效的;将胡椒直接涂在眼睛上是很不舒服的，同时还有可能对眼睛造成损伤。
胡椒在很长一段时期中都被认为会让人打喷嚏;现今也是这么认为的。一些人认为胡椒碱会刺激鼻孔，从而让人打喷嚏;另一些人则认为是胡椒粉的作用，还有一些人觉得胡椒并不是十分有效的喷嚏制造剂。但是，几乎没有人曾进行过控制环境下的实验来解答这个问题。
由于胡椒会刺激肠道，进行了腹部手术或有腹部溃疡的病人的食谱中不能出现胡椒，一般会使用较温和的食品替代之。
