指南推荐的慢乙肝治疗目标为，最大限度地长期抑制HBV 复制，减轻肝细胞炎性坏死及肝纤维化，达到延缓和减少肝功能衰竭、肝硬化失代偿、肝癌 及其它并发症的发生，从而改善生活质量和延长生存时间。这与2010年版指南基本一致，不过，新指南特别指出，在治疗过程中，对于部分适合的患者应尽可能追求慢性乙肝的临床治愈，即停止治疗后持续的病毒学应答，HBsAg消失，并伴有ALT 复常和肝脏组织学的改善。这说明，医学专家们认可，随着治疗的进步，临床治愈已经是慢乙肝真实可求的目标，而不再只是不切实际的 “梦想”。
另外，基于治疗的目标，新版指南对慢乙肝治疗终点给出了非常细致的、分层次的介绍：
1、理想的终点，HBeAg阳性与HBeAg阴性患者，停药后获得持久的HBsAg消失，可伴或不伴HBsAg血清学转换。
2、满意的终点，HBeAg阳性患者，停药后获得持续的病毒学应答，ALT复常，并伴有HBeAg血清学转换；HBeAg阴性患者，停药后获得持续的病毒学应答和ALT复常。
3、基本的终点，如无法获得停药后持续应答，抗病毒治疗期间长期维持病毒学应答（HBV DNA 检测不到）。
近年来发表的几项大规模的研究结果显示，与单纯病毒转阴的患者相比，e抗原血清学转换与表面抗原清除的慢乙肝患者肝硬化、肝癌等不良结局发生率更低。这个层次分明的治疗终点的推荐正是反映了这些研究的结果，让我们对慢乙肝的治疗要求更为清晰：为了更好的临床结果，应追求更高的目标。简单而言，慢乙肝治疗最好是要实现大三阳转小三阳，并且实现停药后持续应答，而最理想的是实现表面抗原消失，也就是“摘帽子”。不能实现这些终点的，才退而求其次考虑长期用药，在长期治疗中维持病毒学应答。
