系统脱敏法包括三个步骤：学会放松、建立焦虑事件层级、实施脱敏。
具体操作步骤如下：
1、 放松训练
放松训练是系统脱敏法的重点之一，是行为疗法中使用最广泛的技术之一，既能单独使用，也可以结合到系统脱敏中使用，以克服焦虑症状。目前最常用的是循序渐进紧张放松法，把身体某一部位的肌肉先紧张，后放松，两者结合进行，然后逐一对身体其他部位也施以同样方法，最后达到全身放松。包括环境要求、声音要求、准备工作、实施步骤、结束。
2、 建立焦虑事件层级
在教会放松之后，治疗者应与来访者共同设计焦虑事件层级表。必须全面采集来访者的病史资料，尽可能完整地找出使来访者感到焦虑的一系列事件或观念等。在此基础上，先确定一个最平静的相关情境或事件，将它指定表示焦虑程度的分值为0(又称“主观干扰程度”，缩写为SUD)。这一事件称为控制事件，在焦虑层级表中一般不写出来。接着确定一个令来访者最为焦虑的情境或事件，指定分值100分，以这两个事件为基准分别估计每一事件的焦虑程度值(由治疗者指导来访者完成)。最后，把各焦虑事件按主观程度由弱到强进行排列，两个相邻焦虑事件之间的层级差约10分，建立起“焦虑事件层级表”。
3、 实施脱敏
先从最轻的交流事件开始，然后由弱到强，逐级脱敏，直到最严重一级的焦虑事件脱敏成功，这一阶段方可结束。它包括想象系统脱敏和现实系统脱敏。
