肩关节疼痛可以是肩关节本身的疾病，如肩关节的炎症，包括有细菌感染的炎症和无细菌感染的炎症，分为特异性感染和非特异性感染，包括结核分枝杆菌、伤寒杆菌等特异性细菌感染，以及链球菌、葡萄球菌等非特异性感染。
无菌性炎症的种类更多，有关节炎、类风湿性关节炎、骨关节炎、过敏性关节炎、痛风性关节炎、强直性脊柱炎等等。损伤是导致肩部疼痛的最常见原因。损伤可以是由明确的暴力动作引起的暴力性损伤，暴力性损伤可以导致肩关节的骨性损伤，即骨折，而更常见的是肩关节内外的软组织损伤，如：关节囊、韧带、肌腱、肌肉、盂唇、软骨损伤等。肩关节疼痛的原因还可能是肩关节肿瘤，包括良性、恶性和转移性肿瘤。
有时肩部疼痛不一定是由肩关节本身引起的。颈部疾病，如最常见的颈椎病，可引起肩痛。心脏病，如心肌梗塞和心绞痛，有时可放射到左肩，被误诊为肩周炎。胆囊疾病、胆结石和胆囊炎疼痛向右肩放射，也可能被误认为是肩周炎。总之，有许多疾病可以引起肩部疼痛，对肩部疼痛应仔细诊断，明确病因，对症治疗。
