有些家长不了解化脓性脑膜炎，担心小宝宝的化脓性脑膜炎可能会感染其他孩子；他们把新生儿化脓性脑膜炎与流行性脑脊髓炎和流行性乙型脑炎混淆了。虽然这三种疾病有共同的临床症状，但它们是完全不同的疾病。
新生儿化脓性脑膜炎是在出生后头4周内由化脓性细菌引起的脑膜炎症。首先是新生儿个体本身在分娩时吞咽或吸入被污染的羊水而被感染；其次是致病菌在出生后从呼吸道、脐部、受损皮肤和粘膜、消化道和结合膜侵入血液循环，然后到达脑膜。由于新生儿体液免疫和细胞免疫都不完善，整体免疫功能差，容易受到感染，而且由于血脑屏障功能不全，细菌很容易穿过血脑屏障引起颅内感染，因此，化脓性脑膜炎是新生儿中比较常见的感染性疾病之一。
流行性脑脊髓膜炎（简称流脑）是由脑膜炎球菌引起的化脓性脑膜炎，是冬春季节常见的急性传染病之一，传染源为带菌者和患者，传播途径为呼吸道侵入，主要易感对象为儿童，6～12个月婴儿为发病高峰。流行性乙型脑炎（B encephalitis）是由乙型脑炎病毒引起的脑炎，本病由蚊子传播，夏秋两季发病，多见于儿童和老年人。根据流行病学资料、临床症状、血象、脑脊液特征和血清学检查，这三种疾病可以得到完整而明确的诊断。流感和乙型脑炎可以通过预防性注射得到很好的预防。
新生儿通过从母亲那里获得的抗体igg对某些传染病具有免疫力，因此，到目前为止，在新生儿期还没有发现流感和乙型脑炎的病例。
