功能性消化不良的发病机制复杂，目前研究认为主要包括以下几个方面：
1、运动功能障，运动功能障碍是FD的主要发病基础，约40％的FD患者存在胃排空延缓。
2、内脏高敏感性。内脏高敏感性是指引起内脏疼痛或不适刺激的阈值降低、内脏对生理性刺激产生不适感或对伤害性刺激反应强烈的现象。FD患者对胃扩张刺激产生不适感的严重程度明显高于健康对照者。
3、脑-肠轴与FD。肠神经系统（ENS）及脑神经系统（CNS）与FD的发生密切相关。CNS整合、翻译上传的感觉信息，产生内脏疼痛，影响自主神经和副交感神经的传出，与ENS共同控制、协调消化道功能。脑-肠轴可双向传入，将大脑的情绪及认知中枢与外周胃肠道功能联系起来。
4、与精神、心理因素有关。由于FD患者脑-肠轴的调控异常，当情绪、精神状态等作为应激因素作用于机体时，大脑的应激刺激反应可通过脑－肠轴传达到内脏系统，引起胃肠运动与感觉异常。
目前FD的治疗策略主要包括：
1、调整胃肠动力：患者餐后出现消化不良症状，多提示患者伴有以胃排空延迟为主的胃肠动力异常，可选择促动力剂进行治疗。2009年中国医师协会消化医师分会组织的一项消化不良症状问卷调查显示，消化不良的治疗药物仍以促动力药为主，其次是PPI和胃黏膜保护剂。在促动力药中，选择最多的是多潘立酮（85.92％），其次为莫沙必利及依托必利等。多潘立酮为多巴胺受体阻滞剂，主要作用为促进胃排空。
2、抑酸治疗：对于表现为胃高敏感性的患者，治疗时可考虑采用抑酸药治疗，常用的药物有PPI、H2受体拮抗剂等。
3、胃黏膜保护：常用的胃黏膜保护剂有硫糖铝、替普瑞酮、铝碳酸镁等。
4、根除Hp治疗：FD患者是否给予根除Hp治疗，目前尚存在争议。在仔细评估患者利益和风险的情况下，可以考虑对Hp感染阳性的FD患者进行Hp根除治疗。
5、抗抑郁或焦虑治疗：伴有精神、心理障碍的FD患者常处于抑郁或焦虑状态，可选择抗抑郁或抗焦虑药物。
治疗胃轻瘫的常用药物包括：止吐药（5-HT3受体拮抗剂，多巴胺拮抗剂，抗组胺药以及大麻素），促动力药（多巴胺拮抗剂和5-HT4激动剂）和非麻醉性缓解疼痛药物。对药物无反应的胃轻瘫患者的治疗应集中于维持充分的水分（包括电解质，酸碱平衡和营养），控制糖尿病患者的血糖，缓解症状，避免影响因素（例如麻醉药，无法控制的糖尿病），以及改善胃功能。
胃电刺激（GES）疗法使用高频、低能量的电流来刺激胃神经并缓解胃轻瘫的症状。
最后，手术干预（例如胃次全切除术，胃空肠吻合术）仅适用于对较保守治疗无反应的胃轻瘫患者。仔细选择（进行手术）的患者有可能受益，并且会缓解症状和改善生活质量。然而，必须个体化权衡这些手术的风险和益处。
