乳糖不耐受
牛奶中大約含有4.5%的乳糖，而它作為一種大分子雙糖，還需要在小腸內被分解成葡糖糖和半乳糖這兩種單糖，才能被腸壁吸收。人體需要藉助乳糖酶的幫助才能分解乳糖，但很多人由於腸道內乳糖酶缺乏，無法將牛奶或是其他食物中的乳糖有效分解。沒能分解的乳糖就有可能在迴腸末端、結腸被細菌所發酵，進而產氣，引起腹脹、排氣。這就是乳糖不耐受。
乳糖不耐受較少發生在嬰兒身上，而多見於成人。據報道，華人有乳糖不耐受的比例高達93%。大多數人都是隻有當攝入一定量的乳糖之後才會發生不耐受的症狀，只有極少數人攝入少量的乳糖就會有嚴重的狀況出現。嬰兒通常都可以正常合成乳糖酶，因而可以消化吸收母乳中的乳糖。在斷母乳以後，體內乳糖酶的合成便會逐漸減少。如果因種種原因(比如秋季腹瀉、)導致小腸內缺乏這種乳糖酶，就會導致繼發性乳糖不耐受。
雖然嬰兒很少發生乳糖不耐受的情況，但是也仍然有一些嬰兒會有先天性乳糖酶缺乏的問題，在這種情況下，則需要在醫生的指導下使用已經把乳糖水解為葡萄糖和半乳糖的無乳糖配方嬰兒奶粉(俗稱腹瀉奶粉)。
牛奶過敏
牛奶過敏，更確切地說，是對牛奶中的蛋白質過敏。每100毫升牛奶中大約含有3克的蛋白質，包括酪蛋白和乳清蛋白兩種。這兩種蛋白質都有可能導致過敏。當免疫系統誤把正常攝入的牛奶蛋白質當成入侵的敵人時，就會引發一連串的免疫反應來對抗“敵人”。結果就可能導致嘔吐，腹瀉，皮膚紅腫，哮喘等症狀。當免疫反應過於強烈的時候，救助不及時甚至可能導致死亡。
由於嬰兒的免疫系統尚未成熟，因而相對於成年人，嬰兒更容易對牛奶蛋白過敏。大約有3%左右的嬰兒會對牛奶蛋白質過敏。而且，對牛奶蛋白質過敏的嬰兒通常也會對來自於其他動物乳汁中的蛋白質過敏(比如羊奶)，個別甚至對母乳中的蛋白質也過敏。另外，除了牛奶蛋白之外，雞蛋和花生中的蛋白質也常常是嬰兒的過敏原。大多數情況下，這種過敏問題幾年之後會自行消失。
對於嬰兒，如果無法母乳餵養，又對牛奶蛋白質過敏，可以在醫生的指導下選用氨基酸配方粉或者深度水解蛋白配方粉。
