鈣的平衡主要依靠甲狀旁腺和降鈣素的調節，如調節功能不成熟或異常，或胎兒貯鈣不足或出生後磷攝入量過多都可引起低鈣血癥，具體病因如下：
1. 暫時性甲狀旁腺功能抑制早期低鈣血癥發生在出生後2天內，多由於暫時性甲狀旁腺功能抑制所致。因在妊娠晚期母血中的鈣經胎盤主動輸入胎兒的量增加，抑制了甲狀旁腺功能。低出生體重兒、窒息和患呼吸窘迫綜合徵的新生兒甲狀旁腺功能比足月正常新生兒更差，鈣的貯備量少。有的生後幾天內血中降鈣素較高，也和低血鈣也有關。早期發病者的血鈣常低於1.75mmol/L。
2. 牛乳餵養晚期低鈣血癥發生在出生3天以後，高峰在第一週末，多見於牛乳餵養的新生兒，因磷攝入量過多，鈣磷比例失調，使鈣吸收障礙，使血鈣降低。血鈣值常低於2.00mmol/L。
3.少數先天性甲狀旁腺功能不全引起的低鈣血癥發病可早可晚，症狀持續較久，達3周以上，但大部分患兒隨年齡的增長甲狀旁腺功能的發育仍可趕上正常嬰兒，故屬暫時性。
4.偶見孕母患甲狀旁腺功能亢進或患腺瘤母親甲狀旁腺功能亢進，母親血鈣增高，抑制了胎兒甲狀旁腺功能，新生兒出生後出現持久性低鈣血癥。母親常無症狀，新生兒的低鈣血癥成為診斷母親甲狀旁腺功能亢進或腫瘤的線索。
