並非每位更年期女性都能進行雌激素替代治療，有的人甚至應該禁用這種治療方法，如乳腺癌、子宮內膜癌、黑色素瘤患者，肝、腎功能不全者，陰道出血原因未查清者，患系統性紅斑狼瘡者，近半年內曾有血栓栓塞性疾病的患者等，均不能應用雌激素，腦膜瘤患者也禁用雌激素類藥物。
另外，一些絕經後女性接受雌激素替代治療也要慎重，如子宮肌瘤和子宮內膜異位症患者。因為這些疾病的發生均與雌、孕激素有關，進行雌激素替代治療後，子宮肌瘤和子宮內膜異位症有可能加重，故應在醫生指導下權衡利弊，再做決策。如患者有嚴重的高血壓、糖尿病，應在內科醫生指導下，先控制好血壓和血糖，再應用雌激素替代治療也不遲。其他像患膽囊炎、癲癇、哮喘和有乳腺癌家族史的患者，應用雌激素替代治療亦應慎重。
認為，即使進入更年期或更年過渡期的女性需要服用雌激素，也要到正規醫院在婦產科專家指導下合理應用。因為雌激素是一柄雙刃劍，恰當服用可以調整內分泌，提高生活質量，有利於順利度過更年期。過量服用或不規律應用，則會引起不良反應，甚至引發子宮癌或乳腺癌等嚴重疾病。
