在外貌上,患兒易有皮膚顏色白、常出現溼疹的症狀,由於黑色素合成減少,故患兒頭髮顏色色淺,乾枯,沒有色澤;頭圍比較小,乳牙生長的慢;汗液和尿中排出有難聞的鼠尿臭味、黴臭味;有的早期還出現嘔吐、煩躁、易激惹等症狀。表現在智力發育上,患兒一般從出生後4到9個月智力發育遲緩症狀開始表現的明顯,尤其是語言發育障礙,這些表現都提示大腦已經受到損傷,部分患兒還合併有癲癇發作,多在生後18個月內出現。絕大多數患兒有精神行為方面的異常,如不及時進行合理的治療最終將造成中度至極重度的智力低下。
為防止患兒智力低下等嚴重後果的發生,應在孩子出生72小時並喂足6次奶後,進行新生兒疾病篩查。苯丙酮尿症治療的關鍵在於早發現。由於苯丙氨酸是人體的必需氨基酸,治療苯丙酮尿症的最佳方法就是低苯丙氨酸飲食療法,使苯丙氨酸的攝入量既能保證患兒生長和代謝的最低需要量,又預防腦損傷的發生。