卵巢妊娠診斷比較困難，常與輸卵管妊娠，黃體破裂，卵巢囊腫扭轉，子宮內膜異位囊腫破裂相混淆，其鑑別要點主要根據病理診斷。
輸卵管妊娠是因卵子在輸卵管壺腹部受精，受精卵因某些原因在輸卵管被阻，而在輸卵管的某一部分著床、發育，發生輸卵管妊娠。典型病例具有急性腹痛，短期閉經及不規則點滴陰道流血，且多有原發或繼發不孕史;檢查時患側輸卵管脹大壓痛;內出血多時，則出現失血性休克。對診斷仍可疑者，可採用輔助檢查方法進行診斷。
黃體破裂是婦科常見的急腹症之一，好發於14～30 歲的年輕女性，因此，有人稱之為“青春殺手”。其實，黃體破裂對人的危害因人而異，臨床症狀及表現也有很大差別。有的可能僅有突然的但很輕微的一側下腹疼痛，破裂黃體內的毛細血管自行癒合，流出的少量血液也自行吸收，不留任何後遺症。有的則可能發生劇烈難忍的腹痛，為繼發黃體內的血管破裂，血液流向腹腔，造成持續性腹痛，嚴重者可因此發生出血性休克，表現為大汗淋漓、頭昏頭痛、血壓下降、四肢冰冷等，如治療不及時可危及生命。
卵巢囊腫扭轉典型症狀是突然發生一側下腹劇痛，常伴有噁心、嘔吐甚至休克。
子宮內膜異位囊腫破裂主要表現為突然發作之持續性下腹劇痛，但沒有異常陰道出血。疼痛常從一側開始，以後擴散至全下腹，其劇裂程度常常超過其他原因引起之婦科急腹症，並往往伴有肌緊張、反跳痛等腹膜刺激徵，但出現休克極罕見
原發性卵巢妊娠的病理診斷標準為：
1.患者輸卵管完整。
2.胚囊必須位於卵巢組織內。
3.卵巢與胚囊是以子宮卵巢韌帶與子宮相連。
4.胚囊壁上有卵巢組織。胚囊壁上應多處有卵巢組織，且兩處卵巢組織之間應有一段距離，在胚胎組織與周圍粘連組織之間必須有卵巢組織。
5.顯微鏡下觀察不僅輸卵管組織正常，而且又無妊娠證據。
根據以上幾點可以與輸卵管妊娠破裂或流產後引起的繼發性卵巢相區別。
