由於早期觀察到ApoE2/2表型的Ⅲ型高脂蛋白血癥病人未在成年即患冠心病，從此，對ApoE多態性進行了廣泛研究，許多證據認為，ApoE多態性是動脈粥樣硬化早期及發展過程中個體差異的主要原因。大量人群調查發現ε4等位基因的一般作用是可以顯著地升高健康人的總膽固醇濃度，使之易患動脈粥樣硬化，相反，ε2等位基因的一般作用是降低膽固醇濃度，其降低效應是ε4升高膽固醇的2～3倍。ApoE等位基因變異還與血漿ApoB濃度、甘油三酯及血管收縮壓有關。Menzel等認為ε2等位基因對冠狀動脈硬化的發展有防護作用，經臨床研究發現，患心血管疾病如心肌梗塞倖存者，或血管造影證明有動脈粥樣硬化者，比其對照組的ε4等位基因頻率高。ApoE4/3雜合子比E3/2和E3/3基因型者發生心肌梗塞年齡早。ApoE多態性變異還與腎病綜合症、糖尿病有關。
值得重視的是ApoE多態性與老年性痴呆病(AD)的關係。1993年，Rose研究發現，晚發性家族型AD病人ε4頻率增多，還發現ApoE和來源於澱粉樣前體蛋白的小多肽Aβ的親和力很高。其後陸續發現AD病人中攜帶ε4等位基因者佔46.2%，而對照組佔13.2%。還發現攜帶二個ε4等位基因的研究對象比攜帶一個ε4的研究對象發生AD年齡早，比不攜帶ε4等位基因的研究對象發生AD年齡更早，1994年，Schacher等人相繼報道百歲老人普遍攜帶ε2基因。。這一發現使ApoE多態性和研究向前邁出了一大步。有報道高老年人攜帶ε2等位基因數量是年青人的2倍。因此ε2等位基因似乎不僅可以保護人們免患AD，而且還與長壽有關。ApoE多態性與AD的關係，目前的研究主要集中在腦代謝中與Aβ或Tau蛋白以及神經元生長和分枝等有關。
