鼻咽結核常表現為粘膜潰瘍或肉芽腫形成,患者可有鼻塞、流涕、聽力減退等,可於病理檢查中確診。口咽及喉咽結核主要有粟粒型或潰瘍型兩種,粟粒型咽結核常繼發於嚴重的肺結核(如粟粒型肺結核等)有明顯的全身中毒症狀,咽痛劇烈,可向耳部放射,嚴重影響吞嚥。
咽部粘膜蒼白,軟顎,顎弓或咽後壁等處可見多數散在的粟粒大結節,以後迅速發展為淺表潰瘍,邊緣不整齊,表面被覆汙穢滲出物,潰瘍型咽結核好發於顎弓或咽後壁,一處或數處不等,發展較慢,潰瘍亦可向深部發展,致軟顎穿孔,顎弓或懸雍垂缺損,癒合後遺留疤痕性狹窄或畸形。
顎扁桃體及腺樣體結核常無明顯症狀,屬隱性結核,多於病檢中發現,可能與飲用未消毒或消毒不嚴的牛奶有關(牛型結核菌),扁桃體結核常伴頸部結核性淋巴結炎,腺樣體結核合併頸後三角區淋巴結腫大者可能為原發性。