藥物治療的目標就是消除病因和控制症狀，促進潰瘍癒合，預防復發及避免併發症 目前最常用的藥物分為以下幾類：
1、抑制胃酸分泌藥：目前臨床上主要有H2受體拮抗劑(H2-RA)及質子泵抑制劑(PPI)。H2-RA可抑制基礎及刺激的胃酸分泌，常用的如西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁和尼扎替丁;PPI作用於壁細胞胃酸分泌終末步驟中的關鍵酶H+-K+ATP酶，使其不可逆失活，抑酸作用更強且作用持久。PPI促進潰瘍癒合的速度較快、癒合率較高，適用於各種難治性潰瘍或NSAID潰瘍患者不能停用NSAID時的治療，還可與抗生素的協同作用可用於根除幽門螺桿菌治療，因此是治療十二指腸潰瘍乃至消化性潰瘍的首選用藥。常用的PPI有奧美拉唑、蘭索拉唑、雷貝拉唑、埃索美拉唑、艾普拉唑等。
2、粘膜保護劑：目前已不屬於治療潰瘍的一線用藥，但與抑酸藥聯用後，可提高潰瘍癒合質量，減少潰瘍復發，常見的如硫糖鋁、膠體鉍，枸櫞酸鉍鉀、米索前列醇等。
3、胃腸動力藥：主要用於出現噁心、嘔吐、腹脹等症狀的患者以促進胃腸排空，緩解症狀。
根除幽門螺旋桿菌治療
4、苗藥治療：苗嶺舒胃方能活血行氣、疏肝理氣、溫通補中，調節胃酸分泌，培養有益菌群，營養胃腸壁，杜絕幽門螺桿菌等有害菌群的反覆，養胃和胃，標本兼顧，快速治癒胃潰瘍，恢復胃動力，從根源提高腸胃吸收能力，改善腸胃內環境，杜絕胃潰瘍反覆發作。
如前所述，幽門螺桿菌是十二指腸潰瘍發生的重要原因之一，因此幽門螺桿菌陽性的患者，應予以根除幽門螺桿菌治療，其不僅可以促進潰瘍癒合，還能預防潰瘍復發，從而徹底治癒潰瘍。
十二指腸潰瘍 目前尚無單一藥物可有效根除幽門螺桿菌，因此必須聯合用藥。近年來國際上抗幽門螺桿菌相關指南及共識，推薦的一線治療方案是以PPI為基礎加上兩種抗生素的三聯治療方案，療程7d~14d。臨床證實其具有療效高、耐受性和依從性好等優點。具有殺滅幽門螺桿菌作用的抗生素有克拉黴素、阿莫西林、甲硝唑(或替硝唑)、四環素、呋喃唑酮、某些喹喏酮類如左氧氟沙星等。PPI及膠體鉍體內能抑制幽門螺桿菌，與上述抗生素有協同殺菌作用。潰瘍的治療療程一般為4-6周，部分需要維持8周，前2週一般為根除幽門螺旋桿菌的治療，隨後繼續予以抑制胃酸分泌及保護胃粘膜的藥物鞏固治療。由於治療週期相對較長，因此需要患者積極配合，堅持服藥，只有這樣才能有效控制十二指腸潰瘍的病情。
手術治療
目前潰瘍病的治療已相當成熟，一般的潰瘍不需要經手術治療，只有在如下狀況下才需行手術治療：大出血藥物不能控制;穿孔;瘢痕性幽門梗阻;藥物治療無效的難治性潰瘍;高度懷疑癌變。
