典型的節律性、週期性上腹痛是診斷潰瘍病的重要依據，但要注意，10%以上的潰瘍病患者可以沒有症狀。此外，慢性胃炎患者的上腹疼痛症狀與潰瘍病相似，但沒有潰瘍。疼痛的發作可以持續幾天到幾周或幾個月。在症狀容易復發的地方，十二指腸潰瘍常常無痛復發或伴有合併症。緩解週期通常是幾個月或幾年，幾乎經常比疼痛發作的時間長。然而在一些病人中，疼痛更為劇烈，症狀頻繁而持續地發作或發生併發症。潰瘍疼痛性質的改變可能是一種合併症發展的標誌。例如，潰瘍疼痛變得持久，不再被食物或抗酸劑緩解，或向背部放射，並可能顯示出穿透性（通常向後進入胰腺）。
許多活動性十二指腸潰瘍並沒有潰瘍症狀。用內窺鏡檢查上消化道顯示，近一半的複發性十二指腸潰瘍是沒有症狀的。內鏡檢查也顯示潰瘍活動、症狀緩解和潰瘍癒合之間缺乏良好的相關性。沒有潰瘍疼痛並不能排除十二指腸潰瘍。十二指腸潰瘍是急性或慢性胃腸道出血、胃出口梗阻或潰瘍穿孔的一個潛在原因。
鋇餐X線檢查中看到的十二指腸龕可以作為十二指腸潰瘍的診斷依據。內鏡檢查是最重要的診斷方法，胃竇粘膜組織的活檢可用於HP檢查。胃酸測定對胃泌素瘤的診斷有意義，但對十二指腸潰瘍的診斷作用不大。
