1、石菖蒲全株都是有毒性的，特別是它的根莖毒性最大，若是過量服用石菖蒲很容易讓人產生幻覺。是藥三分毒，在這裡小編要提醒各位，石菖蒲的藥用療效雖然很好，但是因為它含有一定的毒性，取用切記要謹慎，以免造成不良後果。若有陰虛陽亢、煩躁汗多、咳嗽、吐血、精滑者應該謹慎服用石菖蒲，以免病情加重。
2、石菖蒲副作用大，不宜過量服用，並且在多本古書上也有記載，比如《本草經集註》上記載到“秦艽、秦皮為之使，惡地膽、麻黃。”;《日華子本草》也有記載“忌飴糖、羊肉。勿犯鐵器，令人吐逆。”;還有《醫學入門》上也記載著“心勞、神耗者禁用。”
3、石菖蒲的揮發油中含有細辛醚、石竹烯、石菖醚等，有興奮脊髓神經的作用。若是服用石菖蒲中毒，一般會出現抽搐、驚厥等不良反應，外界刺激更可能會誘發和加劇，最後死於強直性驚厥。而中毒後的治療和解救方法通常是催吐、導瀉、洗胃、靜脈輸液、皮下注射麻黃鹼等。
4、現代藥理學研究證明，石菖蒲具有鎮靜作用，能夠促進消化液的分泌及制止胃腸異常發酵，馳緩腸管平滑肌的痙攣。但現代市場上假冒偽劣產品多，消費者在購買的時候一定要注意分辨石菖蒲真偽，偽品與真品既不為同科植物，又不具有真品的功效，誤用偽品會貽誤治療，危害健康，所以切記謹慎。
5、臨床試驗表明，石菖毒副作用大。將石菖蒲揮發油注射於小鼠體內，中毒表現為間歇性抽搐，待數小時後小鼠死於強直性驚厥，說明石菖蒲的揮發油中毒主要是興奮脊髓。還有將石菖蒲水煎劑注射入小鼠腹腔，不久後小鼠就出現中毒症狀，表現為呼吸困難、陣攣性抽搐。
