問題一：大多數喝下一瓶，糖攝入量就超標
飲料包裝上印有營養成分表，其中每百毫升飲料的碳水化合物含量，幾乎就可理解為每百毫升飲料的含糖量。多個品牌活性乳酸菌飲料的營養成分表發現，這類飲料普遍高糖。比如，養樂多每百毫升的碳水化合物含量高達15.7克，含糖量最高的;味全原味活性乳酸菌飲料每百毫升碳水化合物含量為15.1克，換算下來，喝下這瓶淨含量為435毫升的飲料，相當於攝入約66克糖，是世界衛生組織每日推薦糖攝入量25克的兩倍多。
問題二：“0脂肪”不代表沒熱量
有一類乳酸菌飲料在包裝顯著位置標註“0脂肪”字樣，比如光明“植物活力”蘆薈味活性乳酸菌飲料，並宣稱能“體驗與眾不同的輕盈、舒暢”。不少消費者表示，“0脂肪”讓他們想到這類飲料有助減肥。但記者閱讀營養標籤發現，每百毫升的碳水化合物含量並不低，高達14.5克。雲無心告訴記者，是否利於減肥取決於熱量，而不是脂肪含量。
問題三：菌種太花哨未必好
現在乳酸菌飲料常用的菌種有乾酪乳桿菌、副乾酪乳桿菌等。當下一些企業為突出產品特點，對菌種名稱的標示五花八門，十分混亂，如“B益暢菌”、“B+100益生菌”等說法。對於這些花哨的菌種，王丁棉表示，別說老百姓看不懂，專家乍一看也不知道甚麼意思。雲無心告訴記者，不同菌種對健康的影響的確不同，但現在很多菌種科學家都沒搞清楚，普通消費者沒必要為了花哨的菌種名稱而選購某個產品。
問題四：含菌數不是唯一指標
內含多少活菌是很多活性乳酸菌飲料的宣傳重點。記者查閱幾款產品的食品標籤發現，有的產品寫著1×106cfu/ml(每毫升樣品中含菌量)，有的是1×108cfu/ml，有的是3×108cfu/ml。雲無心表示，如產品內含同種乳酸菌，活菌數高的當然比低的好，但乳酸菌若是不同種類，僅僅比較活菌數就不見得有意義，因為不同種類乳酸菌對人體產生影響所需要的數量不同。 朱毅指出，一般來說，活菌數只有達到107，甚至是108以上才能保證足夠活性。所以在選購時，一定要挑選標註活菌數在107以上的商品。
