病原複雜，確定困難。老年肺炎可以是非感染性的，但絕大多數是感染性的。然而感染病原的確定卻十分困難，因為鑑定病原菌通常以咳痰培養作依據，而痰液在咳出時難免不被口咽部寄殖細菌所汙染。又因為早期應用抗生素，在大多數研究中約有30%～50%的肺炎未能發現致病菌。為避免上氣道寄殖菌對痰標本的汙染，可採取經氣管吸引、經保護毛刷的纖支鏡採樣、經胸壁皮膚穿刺肺吸引或開胸肺活檢等方法，但均屬有創傷性，在老年人中難以推廣應用。
根據標本來源較可靠的方法，如經氣管吸引、血培養及特異性血清學試驗等進行的研究，下列微生物可考慮為大多數老年肺炎患者的病原：肺炎鏈球菌、嗜血流感桿菌、厭氧菌、革蘭陰性桿菌、嗜肺軍團菌、金葡菌和流感病毒。獲得感染的場所和環境不同，老年肺炎的病原也有較大差異。
在社區獲得性肺炎(又稱醫院外肺炎)中，鏈球菌肺炎是老年肺炎的最常見致病原，嗜血流感桿菌佔第2位，革蘭陰性桿菌較少見。而醫院內獲得性肺炎(又稱醫院內肺炎)中，克雷伯肺炎桿菌、銅綠假單桿菌、腸桿菌屬、變形桿菌和其他革蘭陰性桿菌則常見，約佔50%～70%。國內陸慰萱報道20世紀80年代31例老年肺炎，革蘭陰性桿菌佔77%，其中銅綠假單桿菌佔48.39%，克雷白桿菌17.35%，大腸桿菌佔9.68%;金葡菌佔16.1%。院外和院內肺炎病原分佈的差異可能反映了老年住院患者口咽部革蘭陰性寄殖菌增多，及嚴重相關疾病導致免疫力下降和對致病菌易感，無論院外或院內老年肺炎，厭氧菌感染均佔重要地位，當懷疑厭氧菌感染時，以咳出的痰液作厭氧菌培養是無意義的，因為上氣道和口腔常有大量厭氧菌。厭氧菌感染多見於有誤吸傾向的患者，常伴有神經系統疾病，神志改變、吞嚥障礙或應用鎮靜安定劑等情況。老年人是軍團菌肺炎的高危易患者，該病的發生率和患者年齡直接相關，60歲以上感染的危險性是年輕人的2倍。軍團菌肺炎大多數為散發性，偶有暴發性流行，流行多發生於旅館或醫院，可能與水汙染有關。軍團菌感染像厭氧菌一樣常被遺漏，除非採用特殊檢查技術，如採取呼吸道分泌物進行直接熒光抗體染色和採用特殊培養基進行細菌培養。
