1.偏頭痛
屬血管性頭痛常見於中青年和兒童頭痛位於一側顳額眶部，呈搏動性跳痛，常伴噁心及嘔吐，為發作性頭痛頭痛前可先有視覺障礙如視物模糊視野中有盲點或偏盲等先兆也可無任何先兆即開始偏側頭痛一般歷時數小時或數天而緩解極少數患者呈偏頭痛持續狀態。少數患者偏頭痛可能和緊張型頭痛同時存在，以致兩者難以區分。
2.叢集性頭痛
屬血管性並和下丘腦功能障礙有關。頭痛位於一側眶顳額部重者波及全頭部頭痛發作呈密集性劇烈且無先兆。頭痛發作迅速並可突然停止發作時伴以結膜充血，流淚流涕及多汗少數出現上瞼下垂每天發作數次並可在睡眠中發作每次發作歷時數十分鐘至數小時，並可連續數天至數週。但緩解期可長達數月至數年之久經對患者詳細詢問病史和發作觀察不難與緊張型頭痛鑑別。
3.三叉神經痛
是面部三叉神經分佈區的發作性短暫劇痛。每次疼痛僅數秒鐘，每天發作數次至數十次。疼痛如刀割，燒灼或針刺樣常因洗臉刷牙、說話、咀嚼而誘發。患者常可指出誘發疼痛的位置，稱為“扳機點”。本病好發於中老年人，以三叉神經第2，3支受累較多。若單純第1支受累尤應注意和ETTH相鑑別。
4.顱內佔位性疾病引起的頭痛
此類疾病包括顱內腫瘤顱內轉移癌，腦膿腫及腦寄生蟲病等症。此類頭痛系由於顱內壓增高所致隨病程進展常伴有噴射性嘔吐和眼底水腫，但早期可被誤診為緊張型頭痛對病程較短的頭痛患者，除注意眼底改變外，仔細的神經系統檢查極為重要。如發現病理反射等體徵出現，常提示並非緊張型頭痛而應及時採用腦CT或MRI等檢查以助鑑別。
5.顱內慢性感染引起的頭痛
此類疾病包括結核性腦膜炎真菌性腦膜炎豬囊尾蚴病(囊蟲病)性腦膜炎及梅毒性腦膜炎等。這些腦膜炎均以頭痛為早期症狀，一般皆伴有發熱，但部分不典型患者，初期只有低熱而且腦膜刺激徵陰性頗易誤診為緊張型頭痛。
6.自身免疫性腦膜腦炎引起的頭痛
此類疾病包括神經白塞病、Vogt-小柳-原田綜合徵及中樞神經系統結節病。這些疾病累及腦膜或腦主質時可引起炎性反應而出現頭痛，且不一定伴有發熱故易被誤診為緊張型頭痛。
7.顱內壓力異常所致的頭痛
此類疾病包括顱內低壓綜合徵良性顱內高壓症及正常顱壓腦積水。此類患者均以頭痛為主酷似緊張型頭痛顱內低壓綜合徵多因腦脊液吸收過快或分泌減少所致失水及感染可能為其誘因良性顱內高壓症常伴視力障礙。服用過量四環素或維生素A、空蝶鞍以及妊娠期可能誘發。正常顱壓腦積水常見於腦外傷後或蛛網膜下隙出血，恢復期其發病原因可能和腦脊液吸收障礙有關，此類疾病可通過腰椎穿刺測量顱壓以及腦CT檢查以茲鑑別。
