1、肛門腺感染。肛門腺開口於肛管直腸交界處的肛竇內，肛竇呈漏斗狀向上開口，易損傷及細菌的侵入而引起感染。肛竇一旦感染後，會引起感染化膿，炎症向肛周的間隙內擴散，因為肛周間隙抵禦細菌感染的能力差，感染易於在這些間隙中擴散，形成不同部位的膿腫。
2、全身抵抗力減弱。如糖尿病、年老體弱、過度疲勞、以及結核患者和艾滋病患者的抵抗力下降，容易發生肛周膿腫，直腸癌患者也可發生肛周膿腫。
3、肛門局部刺激和損傷。如經常吃辣椒、飲酒等刺激性飲食會導致肛管直腸局部充血、抵抗力下降而誘發感染。另外，乾硬的糞塊擦傷肛管皮膚黏膜，腹瀉患者的稀糞落在肛竇內導致肛門腺阻塞，以及肛門直腸外傷或隨飲食嚥下的雞、鴨、魚骨刺傷肛管直腸等，都可以導致肛門直腸周圍發生感染而發展成為肛周膿腫。
