甘蔗最大的威脅來自於甘蔗病害。病害一經發生，即使用藥劑防治，收效亦不理想，因病原入侵組織內部，致使甘蔗首先在生理上、組織上和形態上發生病理變化，然後才表現各種病症，而大多數殺菌劑無法進入甘蔗組織內部發揮作用。因此，甘蔗病害的防治應堅持“預防為主，綜合防治”的原則，旨在消除一切有利於病原生長、發育、繁殖、傳播、致病等因素，用生物、物理、化學、機械的方法防治病害，使甘蔗病害受到最大限度的控制。
鳳梨病
發病症狀：
鳳梨病屬真菌性病害，主要侵染甘蔗種苗，使其不能萌發而造成嚴重損失。由留存在土壤中的病菌或感病種苗及其他感病寄主傳播。經種苗兩端切口侵入，之後在薄壁組織間迅速蔓延。感病初期種苗切口呈紅色，並散發鳳梨香味，繼而中心薄壁組織被破壞，其內部變空，呈黑色。輕度感病，雖可萌發生長，但生長勢弱，病情發展到一定程度，植株死亡。低溫、高溼，長期陰雨天氣或過於乾旱等不利於蔗苗萌發的因素，均可誘使本病發生。
甘蔗鳳梨病 防治方法：
1、選種抗病品種：如粵糖64-395、華南56-12等;
2、選苗：選用無病健壯蔗苗、梢頭苗等作種;
3、掌握下種適期，冬植、早春植蔗採用地膜覆蓋;
4、種苗消毒、浸種處理：用50%多菌靈或託布津各1000倍液浸種10分鐘;或將種苗剝莢後用2%石灰水浸種12-24小時，或用清水浸種1-2天。
5、秋植採種及早春收砍宿根容易發生鳳梨病引起敗蔸，用2%石灰水或多菌靈、託布津1000倍液噴淋蔗樁
6、實行水旱輪作。
赤腐病
發病症狀：
赤腐病屬於真菌性病害。主要為害蔗莖及葉片中脈。被害莖早期外表無任何症狀，莖縱剖時，可見蔗肉紅色，中部夾雜與蔗莖垂直的白色圓形或長形斑塊，發出澱粉發酵的酸味，受害蔗葉中脈初期呈鮮紅色小點，迅速擴展為紡錘形，葉中央枯死成灰白色或稈黃色，邊緣呈暗紅色。病菌適宜生長溫度為27℃。通過螟害孔、生長裂縫等入侵。 甘蔗赤腐病 防治方法：
1、選用抗病品種;
2、在52°C溫水中加50%苯萊特1500倍懸浮液浸種20-30分鐘，或用52°C溫水浸後再浸入0.2%-0.3%有機汞劑中2-3分鐘;
3、及時消滅螟蟲;
4、甘蔗收穫後，及時將病株、病葉燒燬。
黑穗病
發病症狀：
黑穗病屬真菌性病害。以蔗莖頂端部生長出一條黑色鞭狀物(黑穗)為明顯特徵，其黑穗短者筆直，長者或捲曲或彎曲，無分枝。感病蔗種萌發較早，蔗株生長纖弱。葉片狹長，色淡綠，節間短。宿根蔗、分櫱莖和乾旱、瘦瘠而管理差的蔗田發病較多。高溫高溼，雨季或蔗田積水，旱後較多雨等，為本病發生的有利條件。傳播媒介主要是氣流。 甘蔗黑穗病 防治方法：
1、選用抗病品種;
2、種苗消毒：用0.5%甲氧乙氯汞浸種5分鐘，或用50-52°C溫水浸種20分鐘;
3、適當多施磷鉀肥料以促使甘蔗早生快發;
4、發現病株及時拔除並集中燒燬;
5、實行輪作，發病區不留宿根;
6、不在發病區採苗。
白葉病、崁紋病、葉枯病等。只要得了病，不管是甚麼病，一律無藥可醫，只能整株拔除，燒掉，再好好禱告，祈盼不會傳染開來，這就需要勤快巡查，早期發現，迅速撲滅。而更好的防治方法是育成抗病品種，不怕病害來襲。
