肛管癌的臨床表現易與肛瘻，息肉，肛裂，肛周膿腫，性病肉芽腫，肛管皮膚結核，肛周皮膚癌相混淆，應予鑑別。
1.直腸癌中下段直腸癌同樣以血便，大便習慣改變較頻，裡急後重等為主訴，有的腫瘤可侵犯齒狀線，造成臨床上難以區分直腸癌或肛管癌，但只要注意到直腸癌肛門疼痛較少見或較韌，指檢或直腸時可以判定腫瘤中央位置在齒線上或下，另外，活檢直腸癌多數為腺癌，直腸腺癌較少有腹股溝淋巴結轉移，除非晚期，上行淋巴道堵塞才逆行至腹股溝淋巴結，一般直腸腺癌的預後較肛管癌為佳。
2.肛瘻 臨床上多見，一般以肛旁膿腫開始，局部疼痛明顯，膿腫破潰後形成瘻，疼痛亦隨之減輕，肛瘻多數在肛管後正中處，並與齒狀線相連，肛管黏膜完整，有時形成硬結或條索狀，指檢時擠壓可見瘻口流出膿性分泌物，往往在坐浴和抗感染後症狀好轉，肛瘻用探針檢查即可證實，如疑有癌變，則應活檢明確診斷。
3.肛周皮膚癌 肛周皮膚癌常伴肛門不適，明顯瘙癢，肛門緣有小腫物並逐漸增大，生長緩慢，疼痛較輕，形成潰瘍後有腥臭分泌物，邊緣隆起外翻，活檢為分化較好的鱗狀細胞癌，角化多，惡性度低，不易發生轉移，放射治療效果良好，檢查時只要細心觀察，可見腫瘤中心點是在肛門緣以下，儘管已發生潰瘍，腹股溝淋巴結轉移也不多。
4.惡性黑色素瘤該腫瘤在肛管處少見，典型的黑色素外觀似血栓性內痔，但觸診為硬性結節，偶有壓痛，表面有色素及潰瘍，診斷不難，值得注意的是，半數黑色素瘤可無色素而致誤診，活檢可確診。
