1、原發性硬化性膽管炎(PSC)
PSC在表現上可與膽管癌混淆。然而，最受關注的問題在於如何確定PSC患者是否新伴發膽管癌。管周浸潤型(PI型)膽管癌可能產生跳躍性病變，與PSC中表現的多處狹窄非常相似。對於PI型膽管癌，病變通常侷限於膽道系統的某一部分，但對於PSC患者，病變通常瀰漫分佈於整個膽道系統。PSC患者新發膽管癌可在其臨床狀況的變化中有所預示，如出現黃疸或CA19-9濃度增高超過100IU。影像檢查可檢測出腫塊，組織活檢可能對診斷提供幫助，但陽性的幾率很小。PET-CT的診斷作用也有待進一步驗證。
2、肝癌膽管癌栓
原發性肝癌伴膽管癌栓,特別是原發病灶不明顯的患者，與肝門部膽管癌，尤其是腔內生長型的在影像上可能有一定的類似處，都可以表現為肝門部的膽管梗阻，膽管腔內有充盈缺損。但實際上如果注意到患者有慢性肝炎、肝硬化的既往病史，實驗室檢查多伴有AFP升高、肝炎病毒學檢查呈陽性，CT/MRI可見脾增大及肝硬化的其它表現，診斷起來並不困難(見下圖)。
3、嗜酸性膽管炎和淋巴漿細胞增多性膽管炎
嗜酸性膽管炎是一種罕見的炎性實性佔位，通常認為是由過敏性原因所致，因為在炎性組織周圍可見大量的嗜酸性粒細胞。有人認為嗜酸性膽管炎是嗜酸性消化道(GI)炎症的一種，可影響GI的其他部分，包括胃和胰腺。狹窄病變可以較長且多發，因此與PSC相似。嗜酸性膽管炎患者對全身類固醇給藥反應良好。類固醇給藥既可以是治療方案也可以作為診斷試驗。淋巴漿細胞增多性膽管炎具有自身免疫性疾病的特點，影響胰腺的情況更為常見。這一疾病的某些特點與PSC相同。
4、良性炎性腫瘤
良性炎性腫瘤，也稱為肝臟炎性假瘤、良性纖維化性疾病和肝門處假惡性瘤等。腫塊由慢性炎性細胞和纖維化組織構成。良性炎性腫瘤最常見於肝外上段膽管，也見於肝內，最少見於下段膽管。
良性炎性腫瘤與肝門部惡性膽道阻塞相似，會造成黃疸。出現症狀的平均年齡為50歲，即比典型膽管癌患者出現症狀的平均年齡小10歲。僅根據症狀表現和肝功能測試無法區分炎性腫瘤無法與局灶性惡性狹窄。除非發生膽管炎，否則血清CA19-9濃度通常正常或輕度增高。然而，惡性狹窄患者中約有20％的血清CA19-9濃度也正常。如果檢測到高濃度的CA19-9或存在血管浸潤，那麼確定膽管癌則比較容易，如果缺乏這兩項指標，想要鑑別良性炎性腫瘤和膽管癌是非常困難的。
這種良性炎性腫瘤佔所有肝門腫瘤發病率的13％-24％。目前與膽管癌的治療方式相同――進行手術切除。如果不能確定診斷，可在術中對病變處直接活檢，使得醫生可將切除範圍侷限於膽管即可。未能明確可導致不恰當的治療，如長期放置支架或肝切除術等。
5、膽石症和膽總管結石病
膽總管結石可被誤認為膽管癌。發生Mirizzi綜合徵時，發炎膽囊的膽囊頸處結石可壓迫膽總管，引起黃疸、發熱和膽絞痛也比較常見。放射學檢查，膽總管結石的狹窄通常位於中段膽管，平滑狹長並彎曲向左凸。阻塞處的結石通常與狹窄處毗鄰。可通過MRI或將直接膽管造影術與超聲相結合觀察。病變也可存在單獨右肝管狹窄。
如果造影劑可通過結石的一側，那麼下段膽管末端結石膽管造影術中表現為膽管狹窄。這種類型的結石嵌塞可引起炎性腫塊，增加了腫瘤的可疑性。如通過MRI、術中超聲或觸診檢測到結石可以確診。膽道內多處小型結石可能會與IG型膽管癌混淆。鑑別診斷的依據在於腫瘤在增強CT中圖像會增強，而結石在膽管造影術中傾向於表現為平滑的多面體。
6、膽管腺瘤
膽管腺瘤是一種罕見的良性腫瘤，但很容易與局灶性IG型腫瘤(乳頭狀膽管癌)相混淆。事實上，腺瘤可能惡變為乳頭狀膽管癌，發生於其他部分的腺瘤也是如此。這類腫瘤特徵性表現為黃疸或膽絞痛，可呈息肉狀，並隨體位移動。MRCP和CT影像上可見有膽管內的充盈缺損。如果懷疑為腺瘤，治療方案可選擇局部膽道切除術。
7、膽囊癌
膽總管中段膽道惡性狹窄最常見的病因並不是膽管癌，而是膽囊癌壓迫或侵襲引起的。患者可表現為無痛性或相對無痛性黃疸，這與膽管癌相似。如在膽囊檢測到膽石，或者膽囊壁增厚(有時呈離心性肥厚)，尤其是膽囊增大的患者伴有膽管中段狹窄，高度懷疑為膽囊癌侵犯膽管或膽囊管癌。腫瘤侵入膽囊床附近的肝臟也可增加膽囊癌而非膽管癌的可疑性。過去認為一旦膽囊癌已經侵襲並阻塞膽管，其預後情況往往很差。但我們的經驗是如果有根治的機會，其預後較好。
8、膽道神經內分泌腫瘤
這是一種罕見的增長緩慢的腫瘤，可有黃疸。小型腫塊可呈現動脈相增強。通常只需實施腫瘤和膽管的局部切除術。
9、粒細胞腫瘤
這些腫瘤可能源於施旺氏細胞，發生於膽道系統的病例非常罕見。膽總管或左右肝管匯合處腫瘤可引起膽道阻塞。治療方法包括手術切除，預後較好。
10、膽管肉瘤
這是一種非常罕見的腫瘤，通常為胚胎性橫紋肌肉瘤或平滑肌肉瘤，可出現黃疸，可發現腫塊。
11、淋巴結
肝門部淋巴結可因惡性腫瘤或炎症反應而增大，增大的淋巴結可能壓迫膽管造成黃疸。尤其是胃癌，常有淋巴結轉移到肝十二指腸韌帶造成膽管壓迫。這部分病人有的可有AFP明顯升高，常規的胃鏡檢查一般不難診斷。
12、門脈高壓性膽管病變
這類患者往往都是有長期肝硬化、門脈高壓症的病史。黃疸和肝內膽管擴張的不明顯，而且可能病史較長，臨床症狀有波動(時重時輕)。影像學檢查沒有明確的膽管梗阻表現。一般腫瘤標記物不會升高。這類病人處理一定要謹慎，一旦當做肝門部膽管癌進行手術，局面將會很被動。
