1.細菌性肝膿腫
(1)抗生素 對於急性期肝侷限性炎症，膿腫尚未形成或多發性小膿腫，應給以積極的內科保守治療。在治療原發病灶的同時，使用大劑量抗生素和全身支持療法，控制炎症，促進炎症的吸收。
(2)抗生素+經皮穿刺引流 在全身使用抗生素的同時，對於單個較大的肝膿腫可在B超引導下穿刺吸膿，儘可能吸盡膿液後注入抗生素至膿腔內，可以隔數日反覆穿刺吸膿，也可置管引流膿液，同時並沖洗膿腔並注入抗生素，待膿腫縮小，無膿液引出後在拔出引流管。
(3)抗生素+外科引流 對於較大的肝膿腫，估計有穿破可能，或已穿破並引起腹膜炎、膿胸以及膽源性肝膿腫或慢性肝膿腫，在全身應用抗生素的同時，應積極進行膿腫外科切開引流術。
(4)抗生素+外科切除 對於慢性厚壁肝膿腫和肝膿腫切開引流後膿腫壁不塌陷、留有死腔或竇道長期流膿不癒合、以及肝內膽管結石合併左外葉多發性肝膿腫，且肝葉已嚴重破壞、失去正常功能者，可行肝葉切除術。
2.阿米巴性肝膿腫、真菌性肝膿腫阿米巴性肝膿腫及真菌性肝膿腫治療，首先考慮內科保守治療，全身使用抗阿米巴藥物及抗真菌藥物，其他治療原則與細菌性肝膿腫基本相同。
