細菌分類學上,腸球菌屬早期並不存在,現今的一些菌種本歸屬於鏈球菌屬,1989年,依據Facklam和Collins的分類,腸球菌屬內包括十二個種及一個變異株,它們是:
糞腸球菌(E.faecalis) 屎腸球菌(E.faecium)
鳥腸球菌(E.avium) 酪黃腸球菌(E.casseliflavus)
堅忍腸球菌(E.durans) 雞腸球菌E.galinarum)
芒地腸球菌(E.mundii) 惡臭腸球菌(E.maladoratum)
希拉腸球菌(E.hirae) 孤立腸球菌(E.solitarius)
棉子糖腸球菌(E.raffinosus) 假鳥腸球菌(E.pseudoavium)
糞腸球變異株(E.faecalis var)。
糞腸球菌為該屬中最常見的即為代表種。該屬通常指糞便來的可以用氮鈉分離鑑定的一群革蘭氏陽性球菌。由於腸球菌的菌種均含有Lancefield的D群抗原,亦稱D群糞腸球菌或D群腸球菌。腸球菌的DNA G+C含量33%-39%mol。