組成蛋白質的大部分氨基酸是以埃姆登-邁耶霍夫(Embden-Meyerhof)途徑與檸檬酸循環的中間物為碳鏈骨架生物合成的。例外的是芳香族氨基酸、組氨酸,前者的生物合成與磷酸戊糖的中間物赤蘚糖-4-磷酸有關,後者是由ATP與磷酸核糖焦磷酸合成的。
微生物和植物能在體內合成所有的氨基酸,動物有一部分氨基酸不能在體內合成(必需氨基酸)。必需氨基酸一般由碳水化合物代謝的中間物,經多步反應(6步以上)而進行生物合成的,非必需氨基酸的合成所需的酶約14種,而必需氨基酸的合成則需要更多的,約有60種酶參與。
生物合成的氨基酸除作為蛋白質的合成原料外,還用於生物鹼、木質素等的合成。另一方面,氨基酸在生物體內由於氨基轉移或氧化等生成酮酸而被分解,或由於脫羧轉變成胺後被分解。