首先，輕微腸胃炎，不經治療也可自行痊癒。但是在日常中，急性腸胃炎在兒童腸胃炎中最為常見，下面介紹急性腸胃炎的治療方法：
1、注意補液，避免脫水
注意脫水現象：小朋友是否有小便減少(嬰兒換尿布次數減少)，乾哭沒有眼淚，皮膚幹無彈性，嬰兒之前囟門凹陷等現象?無論有無接受點滴注射，都可購買拉肚子專用之電解質水給小朋友當開水喝。
當孩子意識水平下降或者脫水相當嚴重時，靜脈注射是十分必要的。但口服補液療法依然是一種很好的補液方法。富含單糖的飲料，例如汽水，果汁等，不推薦給5歲以下的孩子使用，因為它們可能會加重腹瀉。如果沒有特效的口服補液劑或者味道較差，白開水也是可以使用的。如有適應症，也可以在兒童身上使用鼻飼胃管來補充流質。
2、注意飲食，繼續母乳餵養
母乳餵養的嬰兒建議繼續以平時的餵養方法。
配方奶餵養的嬰兒在ORT補液後立即繼續配方餵養。可先試著沖泡著半奶(即濃度稀釋一半)看看。若拉肚子的情形無法在3-7天內改善，可能需在醫師指示下換無乳糖奶粉(即市售之醫瀉奶粉)。
3、止吐藥
止吐藥物可能有助於治療小兒嘔吐，但一定要謹遵醫囑服用。昂丹司瓊有一定實用，單次使用即可減少靜脈輸液需求、住院需求及嘔吐。但是昂但司瓊的使用可能與小兒再次入院幾率增加有關。如果臨床上需要，昂丹司瓊的靜脈液也可以口服。胃復安可能有效。
4、抗生素
抗生素不通常用於腸胃炎，但如果症狀特別嚴重時或在找到了易感細菌、懷疑某細菌感染的情況下是建議使用的。世界衛生組織(WHO)建議對同時有便血和發燒的小兒應使用抗生素。
5、止瀉藥物
小兒不能用止瀉藥——可能產生危險。止瀉藥物在理論上有併發症的風險，雖然臨床經驗表明這種可能性不大，在便血或伴有發燒的腹瀉情況下不建議使用。洛派丁胺是一種阿片類似物，常用於腹瀉的對症治療。但洛派丁胺不適於用於兒童，因為此藥物可能會穿越兒童尚未成熟的血腦屏障，引起中毒。小兒的腸胃炎比成人腸胃炎的複雜得多，一定要看醫師。
兒童腸胃炎住院指標
當病童有持續高燒不退超過48小時，合併有嘔吐、嚴重腹瀉，一天拉肚子次數大於10次，應給予住院治療，此外因為腹瀉導致嚴重脫水(體重明顯下降與尿量明顯減少)加上精神懶散食慾不振，經由藥物電解質液的治療方式無效也應住院治療。
