1.十二指腸潰瘍穿孔 多數病人有潰瘍病史。其腹痛程度較劇烈，呈連續的刀割樣痛，有時可致患者於休克狀態。腹壁強直顯著，常呈“板樣”、壓痛、反跳痛明顯;腸鳴音消失;腹部 X線檢查可發現膈下有遊離氣體。惟少數病例無典型潰瘍病史，穿孔較小或慢性穿孔者病狀不典型，可造成診斷上的困難。
2.急性胰腺炎 腹痛多位於上腹正中或偏左，體徵不如急性膽囊炎明顯，Murphy徵陰性;血清澱粉酶升高幅度顯著;B超顯示胰腺腫大，邊界不清等而無急性膽囊炎徵象;CT檢查對診斷急性胰腺炎較B超更為可靠，因為B超常因腹部脹氣而胰腺顯示不清。
3.高位急性闌尾炎 其轉移性腹痛、腹壁壓痛、腹肌強直均可侷限於右上腹，易誤診為急性膽囊炎。但B超無急性膽囊炎徵象及Rovsing(羅符苯)徵陽性(按左下腹可引起闌尾部位的疼痛)有助於鑑別。此外，膽囊炎的反覆發作史、疼痛的特點，對鑑別診斷也有參考價值。
4.急性腸梗阻 腸梗阻的絞痛多位於下腹部，常伴有腸鳴音亢進、“金屬音”或氣過水聲，腹痛無放射性，腹肌亦不緊張。X線檢查可見腹部有液平面。
5.右腎結石 發熱少見，患者多伴有腰背痛，放射至會陰部，腎區有叩擊痛，有肉眼血尿或顯微鏡下血尿。X線腹部平片可顯示陽性結石。B超可見腎結石或伴腎盂擴張。
6.右側大葉性肺炎和胸膜炎 患者也可有右上腹痛，壓痛和肌衛而與急性膽囊炎相混。但該病早期多有高熱、咳嗽、胸痛等症狀，胸部檢查肺呼吸音減低，可聞及囉音或胸膜摩擦音。X線胸片有助於診斷。
7.冠狀動脈病變 心絞痛時疼痛常可涉及上腹正中或右上腹，若誤診為急性膽囊炎而行麻醉或手術，有時可立即導致患者死亡。因此，凡50歲以上患者有腹痛症狀而同時有心動過速，心律不齊或高血壓者，必須作心電圖檢查，以資鑑別。
8.急性病毒性肝炎 急性重症黃疸型肝炎可有類似膽囊炎的右上腹痛和肌衛、發熱、白細胞計數增高及黃疸。但肝炎患者常有食慾不振、疲乏無力、低熱等前驅症狀;體檢常可發現肝區普遍觸痛，白細胞一般不增加，肝功能明顯異常，一般不難鑑別。
