“是藥三分毒”，應嚴格遵照醫囑服藥，切不可盼復心切，擅自加大抗菌藥物(包括抗生素和人工合 成的抗菌藥，如氟哌酸)的藥量，否則很可能損傷神經系統、腎臟、血液系統。尤其是對肝腎功能出現異常的患者，更要慎重。需要強調的是，一般來說，輕度上呼 吸道感染選用口服抗生素即可，但很多人卻選擇了靜脈輸液，這無形中也增加了出現副作用的風險。
多發生在具有特異性體質的人身上，其表現以過敏性休克最為嚴重。青黴素、鏈黴素都可能引發，其中青黴素最常見也更為嚴重。過敏反應嚴重時可能致命。
當用抗菌藥物抑制或殺死敏感的細菌後，有些不敏感的細菌或黴菌卻繼續生長繁殖，造成新的感染，這就是“二重感染”。這在長期濫用抗菌藥物的病人中很多見。因此治療困難，病死率高。
大量使用抗生素無疑是對致病菌抗藥能力的“鍛鍊”，在絕大多數普通細菌被殺滅的同時，原先並不佔優 勢的具有抗藥性的致病菌卻存留了下來，並大量繁衍。而且由於藥物長期刺激，使一部分致病菌產生變異、成為耐藥菌株。這種耐藥性既會被其他細菌所獲得，也會 遺傳給下一代。“超級細菌”很大程度上就是抗菌藥物濫用催生出來的。如果這種情況繼續惡化下去，很可能使人類面臨感染時無藥可用的境地。
抗菌素不能隨便用。一些人有點感冒、咳嗽就服抗菌素。其實感冒大多是由病毒感染的，用抗菌素來對付感冒，基本上是沒用的。只有當感冒者出現有黃鼻涕、黃痰、咽喉疼痛劇烈、扁桃體腫大出現膿點等症狀，併發氣管炎、肺炎、中耳炎、扁桃體炎、風溼病、腎炎，並確診由溶血性鏈球菌等感染時，才需要用相應的抗菌素治療。
菌素使用的原則是能用窄譜的就不用廣譜的，能用低級的就不用高級的，用一種能解決問題的就不要幾種聯合用。一般來說，一種抗菌素抗菌種類少的稱窄譜，抗菌種類多的稱廣譜;臨床上將早期使用的抗菌素，價格較低的稱為低級，而近年來開發使用的、價格高的稱高級抗菌素。其實，窄譜與廣譜、低級與高級，都是相對的。每種抗菌素都有自身的特徵，關鍵是因病、因人選擇。比如紅黴素是老牌抗菌素，價格很便宜，但對於軍團菌和支原體感染的肺炎具有相當好的療效，而價格昂貴的第三代頭孢菌素卻對這些病反而沒有甚麼療效。有的老藥藥效比較穩定，現在人們不經常使用反而可能更敏感。如具有10多年曆史的頭孢拉定，對常見細菌感染如葡萄球菌仍比較敏感，耐藥率僅為4%。
細菌性感染所致的發熱，經抗菌素治療後體溫恢復正常、主要症狀消失後，要及時停用抗菌素。明確診斷的急性細菌感染，在使用某種抗菌素72小時後，效果不明顯或出現病情加重者，應及時進行細菌培養及藥物敏感試驗後改用其它敏感的藥物，不能自己隨便換藥，避免產生耐藥菌株。
防和減少抗菌素的毒副作用，要注意劑量和療程。有些人不舒服了就用抗菌素，感覺好點了就停用。這樣造成的後果是，用藥時消滅了80%—90%的病菌，停藥後殘留的病菌就有可能產生對抗菌素的抗體，甚至繁殖出耐藥菌群，以後再服這種藥時藥效就大大下降。一般情況下，不要為了預防而使用抗菌素，特別是廣譜抗菌素。還要避免外用青黴素類、頭孢菌素類及氨基糖苷類抗生素，不要把這些抗菌素配成液體沖洗傷口，避免誘發耐藥細菌的產生。
