啡因促進谷胱甘肽酶的分泌，後者為肝臟解毒和消除自由基最重要的酵素。咖啡所含的咖啡因及茶鹼擴張腸壁的血管並緩和腸炎。咖啡灌腸所注入的咖啡，清潔了肛門附近左側的大腸，此處為大腸最容易藏汙納垢、宿便最多及惡菌繁殖力最強的地方。口服的咖啡會刺激胃壁，其所含的殺菌成份，對於大腸上部的有益菌不利。咖啡灌腸處理了肝臟每日所排出的毒素，對維護肝臟的健康有很大的助益，此解釋了咖啡灌腸對癌症病患的意義。
所以咖啡灌腸可改善便秘，增加益菌，保持腸內細菌的平衡。有助於預防老化，可幫助改善異位性皮膚炎、蕁麻疹等過敏症狀。促進血液循環、淋巴腺循環，進而改善多種皮膚問題。可促進新陳代謝，對於肥胖者控制體重有所幫助。排除體內毒素後，可改善慢性疲勞、頭痛或肩膀痠痛等症狀。可幫助改善肝功能，使身體狀況良好。可預防便秘及改善生活習慣。並未有科學證明咖啡灌腸有減肥的作用。
