長期攜帶者中一部分進展為慢性遷延性肝炎，小部分成為慢性活動性肝炎，也可能處於肝硬變形成階段，有個別攜帶者可能演變成肝癌。具體地說，轉歸有4種情況。
自然轉陰。隨著時間推移，機體免疫狀態改善，部分攜帶者的乙肝表面抗原可自行轉陰。國內報道，凡是母嬰垂直傳播的攜帶者，乙肝表面抗原的自然陰轉率很低，一般低於2%，18歲以後的青壯年的自然陰轉率在1。25%～3。4%，同時有e抗原陽性者更難轉陰。
持續穩定的終身乙肝表面抗原攜帶狀態。有不少患者終身攜帶乙肝表面抗原，發現乙肝表面抗原數十年陽性。在曾經報道218例無症狀乙肝表面抗原攜帶者中，有48。2%的肝臟有輕微病理變化，這種變化就是相對穩定的一種乙肝病毒持續感染的低反應狀態。
有一部分人在攜帶過程中出現肝功異常，發生臨床顯性肝炎。其中乙肝表面抗原與e抗原持續陽性者易發展成慢性肝炎，還有少數是與丁型肝炎重疊感染，個別還不能排除其它病毒引起的肝損害。
發生慢性活動性肝炎、肝硬變甚至肝癌。有人認為發生慢性活動性肝炎者可達1%～3%，少數人可發展為非活動性肝硬變，已發生肝硬變的患者中9。 9%～16。6%有發生肝癌的機會，個別報告有42。1%可伴發肝細胞癌。研究表明，乙肝表面抗原攜帶者比非攜帶者發生原發性肝細胞癌的危險率大 200～300倍。演變為肝癌的關鍵是乙肝表面抗原陽性者的乙肝病毒去氧核糖核酸的基因序列已經整合到該攜帶者的肝細胞核中。
