由於新生兒胃腸道發育不夠成熟，消化能力差，免疫功能比成人低;又兼他們生長髮育迅速，營養的需求相對較多，胃腸道的負擔很重，因而容易發生腹瀉。腹瀉常見的病因是餵養不當，如人工餵養兒，奶量增加太多或突然由人奶改為人工餵養，牛奶內加糖過多或不定時餵養。環境過熱或過冷可引起腸道功能紊亂。少數患兒腹瀉是對奶製品過敏引起的。腹瀉的另一類病因是感染，如母親餵奶前不洗手，不注意個人衛生和奶頭清洗。
人工餵養兒奶頭和奶瓶不注意清潔消毒，就可能被細菌汙染，特別是夏天奶容易變質汙染，如餵了已變質的奶可引起腸道感染。此外，新生兒腸道以外的感染如呼吸道感染或敗血症等也可以腹瀉。
新生兒腹瀉主要在於預防。母乳是無菌的，而且母乳中有抗體尤其在初乳中抗體很多，對腸道感染有一定的抵抗力，母乳餵養可以減少腹瀉發生。人工餵養時注意餵養方法和做好奶具清潔消毒，這是預防新生兒腹瀉的根本措施。
一旦發生腹瀉，要及時處理。如腹瀉不重，由餵養不當所致，應及時調整奶量，1-2天內減少奶量或把奶稀釋為1/2-2/3，但不要長時間稀釋，以免嬰兒營養不良。適當口服補液，可用世界衛生組織推薦的口服補液配方(醫院或藥店有供應)。方法如下，用1/4包加水至250毫升，按每千克體重服60毫升，在 6小時內少量多次喂入。也可服媽咪愛和思米達，前者可以調整腸道正常菌群，後者有保護腸道黏膜的作用。服法：新生兒：媽咪愛每次1/3包，一日2次;思米達1/4包沖水15毫升，每日2次。兩種藥交替使用，間隔2小時。嬰幼兒：媽咪愛1包，每天2次;思米達半包，沖水25毫升口服，每天2次。兩種藥交替使用，間隔2小時。以上藥物比較安全，有利於腹瀉康復。如腹瀉較重或大便有膿血，伴有食量減少、嘔吐、尿少等，應及時找醫生診治。
