維生素B6群很快地會被轉化成輔脢pyridoxal phosphate 與pyridoxamine phosphate，此兩種脢與蛋白質的代謝關係很密切，pyridoxal phosphate是下列脢的置換物質：
氨基酸代謝時胺基轉移所需，尤其對甲硫氨基、胱氨酸、半胱氨酸等。
氨基酸代謝時的脫羧基(=COOH)作用所需。
轉化含硫氨基酸所需(甲硫氨基、胱氨酸、半胱氨酸等)，高胱氨酸是否缺乏維生素B6，要注意。
Methionine→homocyteine + serine(絲氨酸)→pyruvate(焦葡萄糖) + H2S + NH3→TCA cycle(產生能量 + CO2 + H2O)。
甲硫氨酸是提供甲基(methyl group)的重要氨基酸，若無維生素B6存在，此作用不能進行。很多的碳化作用不得進行，如要合成脂肪、胺基酸碳架等。
與色氨酸轉化成菸鹼酸有關，tryptophan→nicotinic acid，若缺乏維生素B6時，即產生中間代謝物---黃尿酸(xanthurenic acid)，此物質會在體內破壞胰臟β細胞，最後導致糖尿病的發生。在臨床上，以驗尿液中黃尿酸多寡來判斷有無維生素B6缺乏症，若黃尿酸含量太多，即表示罹患維生素B6缺乏症。
肝糖轉變為葡萄糖所需，有維生素B6的存在，glycogen phosphorylase 可加速肝糖的分解成葡萄糖。
將脂肪酸亞麻油酸(linoleic acid--18C)轉化成花生油酸(arachidonic acid--22C)所需，若缺乏此酸，則會造成皮膚龜裂，嚴重者甚至會因細胞膜變性而引起身體不適。
輔脢-A(co-enzyme A)的合成有關，若缺乏維生素B6，阻礙輔脢-Co-A的合成。輔脢-Co-A組成分中有泛酸、腺嘌呤(adenine)等，是能量產生的相關物質，為acetyl Co-A還原所需，而acetyl Co-A在粒腺體內可直接合成脂肪外，acetyl Co-A亦涉及氨基酸合成及能量產生的生化作用，是一非常重要的物質。
在腦細胞的代謝中，pyridoxine的輔脢對氨基酸的脫羧基作用很重要，故穩定腦細胞的功能，不能缺乏維生素B6。更有甚者，腦細胞所需的相關胺化合物之合成，均需要維生素B6。此類物質如腎上腺素(epinephrine)，新腎上腺素(norepinephrine)，哆巴胺(dopamine)，酪胺(tyramine)，血胺素(serotonin-5 hydroxytryptamine)。哆巴胺是新腎上腺素的前驅物質，而血胺素又可合成褪黑激素。此等腦中物質，亦扮演著腦細胞染色體傳送作用之功能。
pyridoxine不僅是上述含胺化合物合成的輔脢，同時亦是散播腦細胞抑制物質GABA(gama-amino butyric acid)所需的輔脢。人類睡眠深沉時，GABA含量會升得很高，顯示有維生素B6時，GABA提高，人較易入眠深睡。故要讓亢奮的腦細胞休息，除用褪黑激素外，還得加上維生素B6始能發揮良好功能。
